為落實行政院政策，衛生福利部積極進行各類評鑑、訪查及認證之改革，朝簡化評鑑條文、整併各類訪查與優化查證方式三大面向進行改革，並宣布自明（106）年起，醫院每年最多接受一次評鑑或訪查為原則，確實降低醫院醫護人員準備評鑑之負擔，並能兼顧醫療品質，衛生福利部表示，已加快改革進度，預計本（8）月底公布各類訪查認證整併結果及未來辦理方式。
衛生福利部為推動醫院評鑑改革，回歸以醫療品質與病人安全為核心價值，衛福部林奏延部長於520就職當日即邀集專家成立醫院評鑑改革小組，秉持前開核心價值，精簡醫院評鑑條文、優化以病人臨床照護的系統性查證（PFM）方式、及持續性指標監測系統，達到減少書面作業、避免作假、及落實於日常作業之目標。經7月份召開2場與各醫事團體之交流會議與1場醫療衛生訪查認證業務檢討會議，目前已完成評鑑基準初步修正，新的條文將精簡至150條左右，預計於9月正式公告，並自106年1月1日起，除19家醫學中心外，所有醫院均一體適用。
衛生福利部為使評鑑改革有感，降低醫院及醫護人員受評壓力，另一方面亦積極盤點該部各單位所辦理多達40項之各類醫療衛生訪查認證作業，林奏延部長宣布各類訪查及認證，將以延長效期、取消重複、整併與簡化條文、及改變評核方式等措施，未來每年醫院最多僅接受一次評核或評鑑，本（8）月底將公布整併結果與未來辦理方式。而醫事司辦理之急救責任醫院緊急醫療能力分級評定，已於8月2日宣布延長效期為5年，免除63家醫院於今年重複接受評鑑。
鑑於各界對於醫療執業環境改善的殷盼，衛生福利部於維護醫療品質與民眾就醫權益之原則下，積極進行多項改革措施，包括受僱醫師全面納入勞基法、落實護病比、生育事故救濟及醫療糾紛訴訟外處理機制等，而醫院評鑑及各項訪查認證更是進行最大幅度之改革，該部期盼各界對於各項改革議題能持續提供建言，並重申改革之目標在使第一線醫護人員及民眾有感，各醫院應確實配合並落實執行，維持就醫品質與優質的醫療服務。