為建立權責相符之全民健康保險組織體制，本部將一代健保時期之全民健康保險監理委員會(下稱監理會)及全民健康保險醫療費用協定委員會(下稱費協會)，自102年起整併為全民健康保險會(下稱健保會)，合併其職掌及擴大功能，並新增審議保險費率及保險給付範圍等任務，期提昇效率、落實二代健保「財務收支連動」及「建構社會參與平台」之核心精神。
健保會與其他健保業務單位(機關)包括衛福部社會保險司、全民健康保險爭議審議會，以及中央健康保險署之權責分工如圖1，依健保會設置要點第2點規定，健保會任務如圖2所列六大項，見諸於全民健康保險法(第5、24、26、45、51、60、61、72、73、74條)及其施行細則(第2、3、4條)。
圖1 全民健保組織體制圖
全民健保組織體制圖片說明：
行政院衛生福利部社會保險司轄下有衛生福利部中央健康保險署(健保業務執行單位)，另設有常設性任務編組「全民健康保險爭議審議會」、「全民健康保險會」。
圖2 健保會法定任務及其法源依據
健保會法定任務及其法源依據圖片說明：
健保會法定任務：
1.保險費率之審議(健保法第5、24條)
2.保險給付範圍之審議(健保法第5、26、51條)
3.保險醫療給付費用總額之對等協議訂定及分配(健保法第5、61條)
4.保險政策、法規之研究及諮詢(健保法第5、60條)
5.其他有關保險業務之監理事項(健保法第5條、健保法施行細則第2-3條)
6.其他全民健康保險法所定健保會辦理事項(健保法第45、72-74條、健保法施行細則第4條)
