鑑於醫療事業攸關民眾生命與健康，具公益性、強制性及突發性，與一般行業不同，且醫師本身工作之多元特性與獨立性，致尚未能納入勞基法之適用，惟為改善醫師勞動條件並確保病人安全與民眾就醫權益，衛生福利部經與勞動部共同協商，規劃將於明(108)年9月1日優先將住院醫師納入勞基法，並適用該法第84條之1議定工時，同時，推動醫療法修法，將勞基法相關之工作契約、職業災害、退休保障等，納入醫療法規範，保障未適用勞基法之受僱醫師勞動權益，逐步改善執業條件，並兼顧醫療體系穩健運作，減少民眾就醫之影響。

衛福部表示，有關受僱醫師納入勞基法之政策方向不變，但因勞基法對於醫療特殊型態之容許彈性有限，斷然全面適用勞基法恐衝擊醫病關係、病人安全與偏鄉醫療服務，惟考量住院醫師係訓練中之醫師，對於工作權之自主性與選擇性較受限制，且基於醫療品質與病人安全之考量，該等人員之勞動條件與權益確有予以規範保障之必要，爰與勞動部協商，由勞動部進行法規預告程序，於108年9月1日將住院醫師納入勞基法，並適用第84條之1議定工時，以維持工時、例休假之彈性;另一方面，衛福部已完成住院醫師與醫療機構之聘僱契約範本，明定應記載項目，包括訓練及工作地點、時間、例休假、工資、職業災害權益、社會保險及福利、考核及獎懲、安全衛生等，以配合住院醫師適用勞基法之實施，提供訓練醫院遵循使用。

至於，主治醫師因其自主性高，且工作樣態多元，工時之認定實為複雜，經多次會議討論，尚有不同意見，如：衝擊傳統醫病關係（責任制），增加醫療糾紛；交接班頻率增加，影響照顧延續性；臨床時數限制，影響醫師教學意願；人才羅致困難之偏鄉醫療服務會無法運作等，故將持續與各界協調溝通，俟釐清疑義及配套措施後，再行納入適用。但為保障尚未納入勞基法之受僱醫師勞動權益，衛生福利部強調，已積極研議修正醫療法，擬新增受僱醫師勞動權益專章，將工作契約、職業災害補償與撫卹、退休保障及勞權爭議申訴等，納入醫療法規範。該草案於研擬階段將召開多場會議，廣徵各界意見，擬於明年上半年完成提送行政院通過後送請立法院審議。