許多先進國家如美國（約250家）與日本（約560家）等均有兒童醫院，而台灣迄今仍沒有獨立的兒童醫院。本部已於102年3月27日發布兒童醫院之「醫療機構設置標準」，並公告「兒童醫院評核標準」，在總病床數不變的前提下，由現有的醫學中心將其兒科部門分離出來另設立兒童醫院，初期經過評核合格者暫依醫學中心標準給付，但需在民國105年左右與母院同時或單獨評鑑，並且達到醫學中心級的評鑑標準才能維持醫學中心的給付，若沒有通過則可選擇併回母院，讓醫院有退場機制。
醫學中心級的兒童醫院評鑑標準有以下特色：
一、 醫院的組織、財務與人事應與母院明顯區分。
二、 醫院建築使用樓層必須自壹樓起連續不得分隔，且有獨立的出入口，在門住診的硬體與就醫動線上，須符合以兒童為中心的友善與安全的就醫環境，避免與成人共用。
三、 總病床須達200床以上（其中急性一般病床至少100床以上），並且提供完整的25科醫療服務，包括新生兒科、腎臟科、神經內科、心臟內科、胸腔內科、胃腸肝膽科、感染科、過敏免疫科、遺傳內分泌科、心智科、重症科、急診科、皮膚科、一般外科、牙科、骨科、神經外科、心臟外科、整形外科、泌尿科、耳鼻喉科、眼科、放射科、麻醉科與病理科。
四、 廿四小時急診服務均由兒童專科醫師駐診。
五、 提供重難症與罕病高水準的醫療。對於罹患特殊或罕見的癌症、新生兒疾病、先天性畸形、心臟、腦血管、神經肌肉、消化或呼吸等系統疾病的病童，提供符合國際水準的治療，重大手術（包括開心、神經外科、嚴重先天畸形、器官移植手術）每年須達到一定的數量，並且有持續的醫療品質監控與改進。
六、 接受各層級醫療機構的罕病或重難症病童轉介，不得拒絕。
七、 醫院之教學與研究成果需通過醫學中心等級之教學醫院評鑑外，且需提供適當容額，供其他醫院醫師觀摩與進修的機會，俾提升全國兒童重難症與罕病的照護水準。
八、 為了落實兒童醫院以急、重、難症為主的設立宗旨，醫院每年住診及急診服務的收入需佔全院收入的百分之五十以上，不得低於門診收入。
九、 為善盡醫學中心之社會責任，須接受政府委託支援兒童醫療資源不足地區之醫院。
對於治療數量不多的重難症與罕病而言，國內外研究證實適度的集中治療不僅對病人有益，更有助於醫療人員累積足夠的經驗與持續提升品質及安全。台灣具有高水準之兒童醫療，但對於新生兒及兒童重難症的治療水準與歐美先進國家相比，仍有進步的空間，因此獨立的兒童醫院確有必要。兒童醫院如果是由現有的醫學中心獨立出來，對於健保資源及醫事人力均不致於有明顯的影響，但品質卻可以提升，有心經營兒童醫院的管理者應該適度的調整醫院的經營策略與資源分配，以維持穩健的財務。確保兒童醫院的永續經營是醫院的責任，也是在申請前應充份評估的重點。
近年來，本部已採取許多策略提升兒童醫療品質及就醫可近性，除已陸續調高兒童醫療的健保給付外，並且補助醫療資源不足地區24小時的兒科醫療，同時額外提供訓練滿一年的兒科住院醫師十二萬元津貼，希望能吸引更多醫師為兒童服務。此外，預計在103年底前，進一步與台灣兒科醫學會及台灣兒童外科醫學會等專業團體合作，整合目前各醫院兒科的強項與特色，規劃全國的兒童就醫地圖，除了讓家長更容易了解住家附近診所及醫院所能提供的專科門診外，亦有助於醫院間計劃性的轉診，落實分級治療，並且與兒童醫院之設立相輔相成。