醫療財團法人依醫療法第46條規定，應提撥年度醫療收入結餘百分之十以上，辦理有關研究發展、人才培訓、健康教育；百分之十以上辦理醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項。又為監督醫療財團法人財務狀況，本部每年均委請資深會計師、財務管理專家及公益團體代表組成審查小組，就其年度財務報告進行審查，經查51家醫療財團法人101年度財務報告，其辦理社會服務事項之提撥比例均符合規定。
為滿足醫療消費者知的權利及符合社會對於財團法人醫院應公開財務資訊之訴求，本部自90年起，即促請醫療財團法人主動公開財務報表，以昭社會公信，且各醫療財團法人年度財務報告經審查後，亦併同審查意見公開於本部網頁供大眾查閱。另為有效監督、輔導醫療財團法人董事會組織運作及財務管理情形，本部聘請法學、醫管、財務等專家組成輔導團隊，採不定期之方式辦理法人輔導訪視工作，近3年來共訪視38家醫療財團法人。
有關醫改會對於醫療財團法人年度盈餘使用建議投注於改善醫事人力部分，本部將考慮納為明(103)年度辦理醫療財團法人財務報告審查及輔導訪視之重點工作項目，促其適當使用回歸原本創設宗旨。
另為健全醫療財團法人董事會之組成，避免形成萬年董事會及滋生弊端，以符合其公益法人之性質及社會責任，業修正醫療法第43條、增訂醫療法第45條之1及第45條之2，明定每屆董事之任期及連選連任之比例，增列不得充任董事或監察人之消極資格與解任及停止職務之事由，排除不適任者，並經總統令公布，自102年12月13日起生效。本部並將持續予以監督及輔導管理，俾促進法人健全發展，符合其公益本質。