醫療財團法人依醫療法第34條規定，應於每年5月底前申報前一年度財務報告，衛生福利部將配合自5月起啟動所有醫療財團法人實地查核作業，聘請外部專家及社會公正人士共同組成專案小組訪查醫療財團法人，以親自瞭解其董事會運作及財務管理是否符合規定。本(103)年度除原有查核項目外，將特別加強有關盈餘使用及各項受政府補助的錢是否確實用於改善醫事人力的勞動條件及薪資報酬之情形，預計9月底完成全面訪查。
近期部分民間團體對於醫療財團法人董事會運作、財務使用及法人資訊公開等議題，提出有關疑義（如不當關係人交易、董事會失去監督功能及原捐助企業掌控醫療財團法人等議題），並質疑上述醫療財團法人醫院未落實改善醫事人力的勞動條件及報酬。
衛福部為落實監督並輔導醫療財團法人董事會及財務運作狀況，將聘請法學、醫管、財務等外部專家組成專案小組，並擴大納入相關社會團體代表一同參與，藉由實際訪視以檢視其法人事務運作、會計制度建立、基金保管運用、財務管理以及營運績效情形，對董事會組織運作及財務管理缺失亦提出整體建議，促其財產適當使用，回歸原本創設宗旨，並符合社會對非營利事業的期待。