全國有將近6,600多位住院醫師在教學醫院接受3到6年不等的專科醫師訓練，結束後需通過本部的考試認證始得成為專科醫師。目前全國42,326位執業醫師中，已幾乎全數（99.2%）具有專科醫師資格，住院醫師的專科訓練對於醫師專業精進及全民醫療品質提升都有重大貢獻。為了讓住院醫師的訓練及工作條件更臻合理，衛生福利部參考美國醫師工時及值班之規定，自100年起限制住院醫師照顧病床數及值班上限，並於102年進一步將住院醫師工時及休息的規定納入醫院評鑑試評項目，未來亦將積極於保障病人權益的前提下，將相關規定法制化，以多管齊下的方式改善住院醫師勞動條件。
臨床專科訓練有別於醫學院中課堂的教學，後者著重於知識的傳授，但前者更強調臨床實務經驗，也就是在資深主治醫師的指導下，從實地照顧病人中精進醫學知識，並且累積臨床經驗。然而由於訓練時間長且臨床工作繁重，再加上近年來醫療糾紛及醫病關係緊張等因素，對專科醫師訓練造成負面的衝擊，部份急重難症專科招募不足新進受訓醫師。因此，保障住院醫師勞動權益與合理工時成為刻不容緩的事。
醫師的專業服務與病人的就醫權益息息相關，薪資待遇亦不同於一般受薪族及勞工，社會大眾更普遍對醫師懸壺濟世的角色有所期待，因此許多改善措施需在不減損民眾就醫權益及專科訓練強度的原則下，多管齊下，循序漸進：
第一、本部自民國100年起參考各界建議及美國醫師工時與值班規定，修訂教學醫院評鑑基準，規定住院醫師每人每日照護床數上限為15床，值班訓練平均不超過3天1班，值班照顧床數合理化。
第二、於102年5月16日公布「住院醫師勞動權益保障參考指引」，要求醫院依照參考指引的規定辦理，並立即納入當年教學醫院評鑑的試評條文，其中工時部份規定：(一)比照美國的標準，每週正常工作時間連同延長工作時間不得超過88小時；(二) 每日正常工作時間不得超過12小時，連同延長工作時間不得超過一定時數（24~32小時不等）；(三) 兩次工作時間中間至少應有10小時以上休息時間等。此外，也對醫師休息、休假之規定、傷害之賠償、保險條件等，進行規範，並函請各直轄市及縣市衛生局督導轄區有接受住院醫師之醫院確實依參考指引規定，與住院醫師辦理契約簽訂事宜。
第三、因住院醫師工時會因科別特性及病人嚴重度而有所不同，過往缺乏全國23類專科醫師的工作時數統計，為研訂合理之評鑑標準，衛生福利部自102年起先以試評鑑方式蒐集各專科工時資料，並同時發文當年度沒有評鑑的醫院也提供數據，所有資料經彙整後不僅回饋各醫院做為比較與改進的依據，更公布於本部「醫院資訊公開專區」供社會參考。本部特別強調公布的資料包括當年度評鑑及非評鑑醫院額外調查的資料，在以輔導改進而非責難處罰的前提下，本部除公告不同醫院層級的平均數據外，亦公布去除辨識後個別醫院的數據。
資料顯示雖同樣是專科訓練，但科別間的工作與值班時數有明顯差異，這也部份解釋為何有些科別不易招募新血。整體而言，在醫學中心工作的醫師，工時明顯長於其它醫院，這反應了病人的量及疾病的複雜度；外科醫師工時明顯高於內科，係因反映科別需要執行開刀手術的特性及病人嚴重度；而外科當中，又以整形外科與神經外科等科別之工時最高，主要是因為該等科別手術時間特別長，以顯微重建手術為例，每次手術時間常超過10小時，為了手術的連貫性及病人安全，醫師於開刀時無法中途離開，而導致工時過長。神經外科常需處理緊急的大手術，如車禍頭部受傷或腦中風等，如果發生在夜間，常需花費一整夜時間，工時一定超過。至於隨時待命接生的產科醫師及許多在急診室值勤的醫師，其工時的長短更視病人就醫的數目及嚴重度而不同。因為這些醫師的付出，讓患有急重症的病人能得到及時的專業醫療服務。
衛生福利部今年仍將持續試評，並且整理這兩年的結果訂定合理的評鑑項目，自104年起納為正式評鑑項目。在此同時，也已經依據目前得到的資料，提出以下措施，改善住院醫師整體及個別專科的問題，目標是讓每一個專科別都能符合工時標準：
一、 讓五大科（內外婦兒急）的住院醫師人力回流。本部自102年起已逐步提高全民健保五大科別支付標準、增加五大科住院醫師津貼、增加專科護理師輔助人力、試辦生育事故補助、並且修改醫療法加重醫院暴力行為刑責等策略後，住院醫師招收情形已明顯改善，103年度的招收率均已回到8成以上，其中外科、婦產科、小兒科與急診科更達9成以上，熱門的情況已多年未見，人力的回流最能直接解決醫師工時偏高之現象。
二、 逐步調整部份科別專科醫師訓練員額。針對某些專科因為需要安排24小時急診會診而致人力不足的情況，以及偏遠地區急重症專科醫師的不足，本部逐年檢討訓練容額，除了五大科之外，如麻醉科、放射診斷科、整形外科、眼科及耳鼻喉科等。
三、 專科訓練的改革。本部刻正試辦各專科住院醫師訓練的改革，其目的是調整訓練的內容，並且強調住院醫師臨床學習的評量及同儕間的相互學習，合理的訓練強度及時數也是試辦的重點之一，這些都有助於改善訓練與工作環境。
四、 工作流程與值勤的重新安排。本部與各專科團體及醫院共同研商如何簡化臨床工作流程及重新檢討住院醫師值班的頻率。目前包括醫學中心在內許多醫院都已經安排更多的專科醫師直接參與值班，直接減少住院醫師的負荷，以符合規定，而部份常規性工作則同時安排資深的專科護理師輔助，尤其是在外科與內科病房最多。
五、 對於住院醫師是否直接納入勞動基準法適用範圍，在立法院及許多場合都有多次討論，但尚未獲致共識。由於醫師的工作性質特殊、進入門檻高、且工時計算不易比照一般勞動者，影響所及不僅限於醫師，更與病人權益息息相關，因此本部仍希望先朝修訂醫療法努力，將現有保障醫師的工作時間的規定法制化，明定醫師職業災害補償適用勞基法之規範，並且提高相關罰則，以確實保障醫病雙方之權益。待醫師整體及各專科人力能提高到一定程度後，再進一步納入勞基法責任制的適用範圍。
衛生福利部持續採取各種措施，讓急重難症專科人力回流，增加輔助人力，同時依勞基法之精神訂定住院醫師勞動權益保障指引，並且透過評鑑與衛生局督考，要求醫院在最短時間內改善住院醫師工時過長等現象，如果醫療法能修法完成，現有的規定可進一步提高其法律位階，更可加速落實醫師勞動權益的保障。本部期在確保及維護大多數民眾現行的就醫水準與品質的前提下，以系統性解決、分階段執行之方式達成目標，兼顧醫病雙方之權益，期盼各界共同努力並惠予支持。