在國內的醫療資源與就醫可近性已達一定程度後，應以更開放但謹慎的態度擴大與國際接軌，創新醫療服務模式，以保持醫療服務的持續進步與國際競爭力。但政府始終堅持優先照顧國人健康的信念，並於1995年全面實施全民健保後，讓民眾能享有國際肯定之優質醫療，並有很高的滿意度後，再來發展國際健康產業。
針對外界對自由經濟示範區納入國際醫療提出諸多疑慮，衛生福利部提出下列說明：
一、 示範區是想要留住想要出走的醫師
國內醫師人力之「五大皆空」現象已有明顯改善，目前規劃200床之專辦國際醫療機構，所需專任或兼任醫師最多100名，以目前42,000名醫師來說，比例相當少，影響十分有限，但為了避免排擠醫療資源的疑慮，採用下列二個措施：
(一) 沒有執業登記在自由經濟示範區國際醫療機構之本國醫師，不能在該區執行業務。
(二) 國內醫師報備支援時數含國內支援時數受限。
二、 國內醫院與國際知名醫療機構合作，醫療技術與國際同步
自由經濟示範區是由國內醫院與外國醫療機構合作設立醫院，外國醫師也能在自由經濟示範區執業，例如：像美國Johns Hopkins Hospital這種外國知名醫療機構來投資，將有優秀的醫事人力、技術及高端設備因而留在台灣，國內醫療機構透過與國內知名機構合作，可望精進技術及能力，進而打響台灣醫療機構之知名度，為免大眾疑慮，將會嚴格把關示範區數及醫療構家數。
三、 本部再次重申：示範區並未開放任何大陸、香港、澳門醫事人員執業。
四、本部再次重申：示範區不得使用健保就醫。
為顧及本國民眾就醫權益，條例第52條明訂「國際醫療機構，不得為全民健康保險特約醫事服務機構」，因此，國際健康產業園區內的所有醫療服務都不能與健保簽約，本國人如果到區內就醫也不得使用健保，不會瓜分健保資源。
五、自費醫療有其必要性，但國內醫療環境健全不會造成階級化
　　　　健保涵蓋範圍不可能無上限，無法涵蓋之範圍透過自費差額給付予以補足需求，才不會讓經濟能力好的人佔用經濟能力不好的弱勢，因此自費醫療並非「階級化」，而是「差異化」。差異化的服務原來就存在於各行各業，過去數十年也已經存在於醫療服務（如病房差額、自費特材等），但不影響醫療的核心價值。
　　　　國際醫療已自2007年提供服務，與健保及自費機制並存多年，由於對象不同且國外來台病人仍十分有限（多為健檢或醫美），並無階級化的問題。
　　優質醫療是台灣的強項，政府優先以照顧國人為最重要的施政目標，當他國已經在布局國際醫療的同時，我們優先推動全民健康保險，並且透過醫療網的推動，讓全國民眾都能享受到低負擔高品質的醫療照護。此時，是我們積極發展國際醫療與健康產業的重要時機，待自由經濟示範區特別條例通過之後，更期盼能結合國際知名的醫療機構與技術，讓台灣整體的服務與技術能再升級。