依據自由經濟示範區特別條例草案，自經區內國際醫療機構之社員不論其是自然人或法人皆應受組織章程所規範，該章程所訂權利及義務須經中央主管機關審查許可，並應受多項法規嚴密管理，不會任其隨意發展。而且，衛生福利部除將依醫療相關法規對該機構加強管理外，並對機構社員之出資額、董事名額、醫事人員及外國人充任董事之比例皆嚴格管控；若有社員為公司，則應再受公司法等之規範。
　　自經區內國際醫療機構應依前一年度營運總收入之一定比例費用作為照顧偏遠地區、弱勢族群及促進醫療技術提升等事項之回饋，該項費用之比例及用途亦將由衛福部成立管理小組監督管理。