有民眾質疑『我國醫療人才若選擇在自經區從事國際醫療，就不能在國內執業，亦不得提供國人醫療服務……』，衛福部澄清說明如下：
　　本部重申：我國已擁有完善健保醫療服務體系，提供民眾平等且優質的醫療照護服務，目前政府規劃發展自由經濟示範區國際醫療機構，絕不影響國人就醫權益及健保資源，外國人及本國人至區內就醫就必須全部自費。
　　另外，沒有執業登記在該區的醫師，若屬急救、會診、支援，且在一定的時數限制內也是可以到該區進行醫療服務，本部採取彈性處理，就是希望提供國內更多工作機會與選擇，留下台灣人才。如今周邊各國紛紛向我國招募醫事人才，如果國內醫師外流至國外，才真的是不能為國人服務。