醫院評鑑制度精進、醫療品質提升及醫師素質提高，為維繫國人健康照護重要的關鍵。醫院評鑑制度歷經多次改革，本（104）年起實施更新一版之醫院評鑑制度（104年至107年適用），著重於「簡化」、「優化」、「日常化」三大面向之改革修正。新版醫院評鑑制度之改革目標更為落實以病人照護及安全為主體之評鑑，導入「以病人為焦點之查證方式（Patient Focus Method，PFM）」，評核醫院之醫療品質，以降低干擾醫院日常作業，持續病人安全之提升及醫療品質之促進。
本部為簡化醫院評鑑準備作業，在不減損病人安全及醫療品質之前提下，已精簡醫院評鑑項目由原238項調整為188項。同時運用「以病人為焦點之查證方式」，藉由現場查證病人之照護流程，瞭解基層醫療人員的決策，讓評鑑重點由書面資料的佐證轉變為病人安全及照護系統實際面的評估，並導向以落實病人需求為主體的照護模式，促進團隊合作之聯結，且透過醫院定期提報醫療品質指標，來持續強化及確保以監督醫療服務品質。此外，本部亦針對評鑑委員制度進行改革，如修訂評鑑委員遴聘要點，重新遴選、引進中生代之評鑑委員，加強評鑑委員之訓練，強化評鑑委員之評鑑方法、評鑑技巧，以及注重新版評鑑基準共識之建立等，多項改革將有益於整體醫療品質之具體提升。
另對於國人赴國外就讀醫學系日漸增多之問題，依據教育部及考選部統計資料顯示，東歐波蘭單一國家，2008年國人赴該國相關醫學院校就讀醫學系，計有526位，2009年就讀牙醫學系計有160位，自96年至103年止，持國外醫學系畢業之應考人數共計1573人次；又近年隨著國內留學仲介者之介入與操作，東歐地區招生市場日漸擴大，部分歐盟會員國分設專班，吸引我國學生前往就讀，醫學教育補習班化，如不透過程序就其學歷予適當審查調管，勢將造成我國醫療制度無法承受之衝擊與毀壞，亦有嚴重侵害醫療品質之虞。因此，本部目前已朝規劃研擬修正「醫師法施行細則」第一條之一的方向努力，對於持國外醫學、牙醫學系科學歷報考國內醫師、牙醫師考試，該醫學系科入學資格、畢業學校、修業期限、修習課程，是否與國內同級同類學校規定相當，就國外醫學學歷品質進行把關及適度控管，積極守護國人之醫療照護品質。