行政院為感謝醫事人員照顧八仙病患之辛勞，特別核定第二預備金，發給辛勞津貼，獎勵各收治醫院照護團隊的辛勞。衛生福利部為盡速完成津貼之申請及核撥，於第一時間即要求各醫院盡速造冊，先辦理第一階段(6/27-7/15)之請領作業。目前53家收治醫院，只有37家醫院來函申請，其中二家醫院已完成核撥。+
為加速津貼核發，衛生福利部於上週9月11日召開各院津貼發放報告與專家審查會議，共識包含：1.本案為辛勞獎勵，不應以薪資及工時計算，係給予以「整體醫療團隊」，分配時不應過度集中於少數科別或醫師。2.第一階段(6/27-7/15)及第二階段(7/16-8/26)照顧病人之重點或有不同，醫院可以訂出不同的分配原則，惟每位醫師請領總經費不得逾90萬元。 3.為簡化醫院造冊的行政程序，衛生福利部於會後將預撥第一階段之金額，而第二階段之金額，將俟醫院一次備齊請領名冊，經本部審查無誤後，予以撥付餘款。
至有關新北市立聯合醫院某洪姓醫師發表「獎金沒當一回事，政府官員打算白嫖」等內容，本部強烈聲明此一說法「引喻失義」，非常不恰當。查該院收治23位傷患，醫師團隊共有24位，非集中在某一位醫師，其領取之津貼與其他醫師請領金額相較達33倍，審查會議中已請醫院審慎依上開會議共識原則辦理。
衛福部考量第一線醫師及醫事人員不分晝夜加班、銷假來照護八仙事件燒傷病患，又醫師非屬勞基法保障人員亦無法支領加班費，行政院爰提供經費發給辛勞獎勵津貼，感謝各參與傷患照護人員的辛苦投入。醫院於分配時應注意團隊精神，勿遺漏任何有貢獻之醫事人員，以發揮本項津貼之良善美意。