為促進醫療機構妥善處理廢棄物，保障民眾健康與環境安全，衛生福利部自93年起積極輔導醫療機構提升廢棄物處理知能，目前醫院均已委託合格機構清除處理或再利用其產生之醫療廢棄物，並依規定每日上網申報醫療廢棄物之產量。
依據環保署101-103年醫療廢棄物流向申報量統計資料顯示，醫院產出之有害廢棄物(如廢尖銳廢棄物及透析廢棄物等），每年約2.7萬噸，其再利用率101年為9.3%，至103年為15.4%，成長快速，且有洗腎之醫療機構595家所產出之「醫療用廢塑膠」，近八成均以再利用之方式處理。
由於醫療廢棄物具生物感染性風險，首重感染源之徹底消滅，以保障環境安全與民眾健康，因此，醫療廢棄物之處理方式與流向，至為重要。依據「廢棄物清理法」第28條規定，醫療機構廢棄物之清理，除再利用外，應自行或委託機構清除處理(如焚化、滅菌、掩埋）。故依法，醫療機構得選擇以焚化、滅菌、掩埋或再利用方式處理其廢棄物。
因醫療機構產出之生物醫療廢棄物具感染性，故應以紅色(焚化）或黃色(滅菌）塑膠袋盛裝後，送合格業者處理，基於生物感染風險考量，醫療機構大多採用較昂貴(焚化）安全之處理方式，以避免生物病源未完全滅除，造成疾病擴散之後果。
鑒於含有PVC之醫療器材，焚化將產生戴奧辛造成空氣污染問題，本部亦採行多項措施，鼓勵醫院於安全無虞之情形下，再利用其廢棄物，包括：增列再利用之醫療用廢塑膠種類 (如點滴輸注液容器、輸液導管、廢針筒、廢藥水桶）、訂定「醫療廢棄物減量及資源回收指引手冊」、製作「醫院廢棄物再利用方法及醫療用廢塑膠再利用過程」之多媒體影片、舉辦研討會等；另健保署特材支付價格，亦針對PVC及非PVC進行區隔，對於非PVC材質核價比較高。
衛生福利部表示，基於資源有限，資源回收再利用政策應予響應，惟因醫療廢棄物之特殊性質，其處理仍需特別考慮安全性，未來將於保障民眾健康與環境安全的前提下，持續輔導醫院推動醫療廢棄物之處理與再利用。