兩岸服務貿易協議同意陸資來臺投資醫院，僅限於新捐助設立之醫療財團法人醫院，與臺灣現有的醫療財團法人醫院無關，且其捐助之資金在完成捐助作業後，即歸醫療財團法人所有，不隸屬任何個人。有關陸資來臺合夥設立身障機構，應為小型機構，亦為非營利機構，須經濟部與衛福部審查通過才可設立，並應依我國身障保護相關法規，接受主管機關輔導及評鑑，保障其服務品質。
國內醫療財團法人之財務狀況及資金運用，除醫療法第34條至第38條已明訂規範外，本部並聘有外部的財稅、會計及法律專家定期執行實地及書面審查，而各家法人之財務年報亦公布於本部網站，供全民監督，所謂醫療財團法人財務不透明或政府放任等說法，有欠公允。無論陸資的比例為何，全國所有的醫療財團法人均需接受相同嚴格的規範，且其執行非營利醫療及公益的基本目的絕無差異。
由於臺灣多數都會地區的每萬人口病床數已達規範的上限，這些區域內的醫院病床數均不允許再增加，更不被允許新設立醫院，這項規定同時也適用於未來陸資可能捐助新設立之醫院。即使有意在臺醫療資源不足地區有投資計劃，所有計畫內容包括資金來源及運用均需依規定送當地衛生主管機關及本部審查，本部醫審會衡酌醫療資源等各方面之需要性審議通過，才能許可。從中央到地方均有一定的把關程序。
至於規劃中的自由經濟示範區國際醫療業務確定排除陸資投資，且園區內的醫院必須以社團法人的型態申請與經營，更是不符合兩岸服務貿易協議的要項。
大陸目前已開放臺資進入大陸市場設立醫院，且多數是在經濟較發達的城市，但是一方面須經過大陸中央機關嚴格審批通過後始得設立，另一方面設立醫療機構所需投資成本與風險相較於其他行業高，因此截至目前僅有十家臺資醫院設立。據了解，除了少數在職的醫事人員會短期到大陸工作外，許多受邀過去的是較資深或是已經退休的人員，利用假日或休假去當地短期指導而非長期執行基層的醫療工作。任何的工作調動無論是到國內或是到其它地區，都必須徵得當事人同意才可行，當前國內許多醫院都面臨召募與留任醫護人員困難的情況，對於所有在職員工十分珍惜與保護，並且尊重其意願。未來如果兩岸完成簽署兩岸服務貿易協議，雖然有更多的地區開放給臺灣，但許多客觀條件未必比現行已經開放的地區適合投資設立醫療機構，所謂將有更多醫護人員將被迫去大陸地區工作的質疑未必屬實，謹此說明。
我國身障機構依據身心障礙者權益保障法等相關規定，法人（財團法人或社團法人）及小型身障機構皆屬非營利性質，陸方與我國民眾合夥設立之小型機構亦為非營利機構。我國身障機構合夥設立規定係參照民法有關合夥規定辦理，陸方與我國民眾合夥設立之小型身障機構，其性質依上開身障法令規定仍屬非營利機構。另本次服務貿易協議開放對象因須與個人合夥設立，屬小型非法人之身障機構，不包含法人附設或辦理之小型身障機構，因此，此類身障機構僅有6家。
未來大陸地區服務提供者來臺合夥案件皆須經由經濟部與衛生福利部審查後，才可向主管機關申請設立，其資格條件與我方負責人之資格要求相同。另合夥之小型非法人身障機構依據我國法令規定，不得皆受補助、不對外募捐及不享有租稅優惠之限制，亦須依據我國身障相關法令規定，接受主管機關之輔導及評鑑，以保障其服務品質。