依據媒體報導有關「醫師應納勞基法保障」一文，衛生福利部回應說明辦理之進程如下：
壹、 限制住院醫師的照護病床及值班上限標準。於南部某醫學中心住院醫師疑似過勞事件發生後，前行政院衛生署即參考各界建議及美國醫師工時與值班規定，立即修訂教學醫院評鑑基準，原則上住院醫師，每人每日照護床數上限為15床，值班訓練平均不超過3天1班，不得超時值班，不得連續值班，值班照顧床數合理，並有適當指導監督機制。該項評鑑修正內容已自民國100年開始執行。
貳、 頒布「住院醫師勞動權益保障參考指引」。本部認同醫師之工作權益及工作時間應予保障，對於醫師是否納入勞動基準法之議題，於101年5月即邀集勞委會、教育部、醫師公會、醫改會、消基會、醫勞盟、醫學生聯合會等相關機關團體進行研析。雖然各界對於住院醫師何時納入勞動基準法仍未獲致共識，但為及時保障工作時間且不影響教學訓練，復於102年1月30日及同年3月19日召開「住院醫師參酌勞基法賦予保障研商會議」，綜合各方建議及參考美國實施住院醫師工時的規定後，於5月16日正式頒布「住院醫師勞動權益保障參考指引」（參見附件），對工時安排之合理化、休息、休假之規定、傷害之賠償、保險條件等，進行規範，並函請各直轄市及縣市衛生局督導轄區有接受住院醫師之醫院確實依參考指引規定，與住院醫師辦理契約簽訂事宜，並將個別聘僱契約或通案聘僱契約範本依該指引第二點規定報請所在地衛生主管機關備查。
參、 由教學醫院評鑑考核醫院對住院醫師工時保障並且評估衝擊。住院醫師的工作時數限制已列入民國102年的教學醫院評鑑試評標準，並且就甲、乙、丙三種不同方案各教學醫院能夠達成的程度及對醫院運作、訓練成效及病人就醫權益的影響進行評估，做為制定醫師納入勞基法後工作時數限制的重要依據。
肆、 積極與勞委會密切研議住院醫師適用勞基法及時程等相關配合事宜。鑑於勞委會曾就勞基法第84條之1研議廢止之可行性，惟該條文係住院醫師工作與訓練時間能夠有別於其它行業人員之重要依據，倘若無該條文之適用，以議定適當的工時，勢必因對醫院運作及病人的就醫權益衝擊過大而延宕納入的時機。9月1 4日本部與勞委會最近的一次協商會議，已就前揭事項交換意見。
伍、 保障全民就醫權益與醫療品質，相關配套措施必須取得共識才能執行。住院醫師一旦適用於勞基法，對於現行醫療機構之人力運用及病人的就醫勢必造成影響，對於醫師本人的專業訓練亦需全盤思考。美國實施住院醫師工時限制已經十年，根據最近陸續發表的評估報告顯示：限制工時可以提升醫師的生活品質與減少因疲勞而產生的醫療錯誤，但也降低專業訓練的時間、降低專業度與獨立執業的信心及增加因交班頻繁所造成的醫療錯誤。上述影響都需要因應準備。另外本部也正與相關團體協商住院醫師適用勞基法之相關配套機制：
（一） 替代人力的來源：住院醫師是在教學醫院的臨床業務及值班需要有替代人力，國外採取的辦法有：增加醫學生人數（估計要現有的30%~50%）、招募外國醫師、訓練醫師助理（physician assistant）或同意目前的專科護理師接手等。相關團體在過往會議中並未取得共識。
（二） 專科訓練時間。本部亦請各專科醫學會審慎評估未來住院醫師的訓練時數是否要調整，以維護醫療品質，相關證照的考試亦需在臨床訓練達到一定標準後才得以考試。
（三） 對各專科的影響。目前已經招募困難的內外婦兒急等專科將更不容易有足夠住院醫師，如何準備與因應仍待解決。目前許多醫院的專科主治醫師已經逐漸成為第一線臨床照護與值班的主力，未來這種情況該如何因應及其衝擊亦已納入準備的重點。
本部積極並審慎地朝向住院醫師適用於勞動基準法的目標努力，一方面力爭保留適用勞動基準法第84條之1的空間，訂定各方可以接受的工時限制及權益保障，另一方面亦就各種可能的影響與衝擊，與相關的團體及部會協商解決之道。各國實施住院醫師納入勞基法的背景與條件不同，國外對此問題的解決方法未必適用，本部勢必在保障並且維護大多數民眾現行的就醫水準與品質的前提下，逐步落實住院醫師適用勞基法的目標。