為強化醫療財團法人之管理，醫療法訂有專章，計19條條文，針對醫療財團法人之機構設立、董事會組織、會計制度及財產使用等，均有明確之規定。
為監督醫療財團法人財務運作，各醫療財團法人應於每年5月底前依「醫療法人財務報告編製準則」申報財報，所送財報需經三層審查：第一須經會計師查核簽證，第二，由衛生福利部委請資深會計師、財務管理專家及公益團體代表組成審查小組，就其年度財報進行審查，第三，上述審查意見併同財務報告全部公開於衛福部網頁供大眾查閱。
依「醫療法人財務報告編製準則」規定，醫療法人應依財務會計準則公報第六號規定，充分揭露關係人交易資訊，除董事長、董事、監察人、所設機構負責人外，其配偶及二親等以內親屬，或擔任其他法人之董事長、總經理或負責人之該法人，相互間所為之交易資訊，均需予以揭露於財務報告，且該財務報告須經會計師查核簽證並出具意見書。顯見衛生福利部對於醫療財團法人之關係人交易，已有相當之監督機制，且供大眾檢視。
另為健全醫療財團法人董事會之組成，避免形成萬年董事會及滋生弊端，以符合其公益法人之性質及社會責任，衛福部業於102年12月11日修正醫療法，明定每屆董事之任期不得超過四年、連選連任之比例不得超過三分之二，董事相互間具配偶及三親等以內親屬關係者，不得超過總名額三分之一，並增列不得充任董事或監察人之消極資格與解任及停止職務之事由，排除不適任者。衛福部去年已明文函知52家醫療財團法人，應即依照新修正之法令，檢討修正法人捐助章程、董事（監察人）之組織及議事章則相關條文，並於改選董事時，務應符合醫療法之規定，以免違反前開規定。
又為實際瞭解醫療財團法人董事會組織運作及財務管理情形，衛福部每年聘請法學、醫管、財務等外部專家組成輔導團隊，採不定期之方式辦理法人實地輔導訪視工作，以為有效監督及輔導。衛福部並將持續予以監督及輔導管理，俾促進法人健全發展，永續提供良善醫療服務。
從民國90年至101年之財報及其審查意見可上本部網頁查閱(http://www.mohw.gov.tw/醫事司首頁 ＞ 業務資訊 ＞ 醫療財團法人管理相關業務＞04醫療財團法人財務報告＞4-1醫療財團法人歷年財務報表)