本次藥師法第11條修正的起因為4位藥局藥師、1位醫師及1位桃園地方法院行政訴訟庭法官，共同對藥師法第11條「藥師經登記領照執業者，其執業處所應以一處為限」的規定申請釋憲，其主張該規定違反比例原則與平等原則，侵害憲法保障人民工作權。102年7月31日，司法院大法官第711號釋憲文，認定藥師法第11條未就藥師於不違反該條立法目的情形下，或於有重大公益或緊急情況之需要時，設必要合理之例外規定，已對藥師執業自由形成不必要之限制，有違憲法第23條比例原則，並與憲法第15條保障工作權之意旨相牴觸，應自解釋公布之日起，至遲於屆滿1年(103年7月31日)時失其效力。
衛福部參酌釋憲文意旨，並且多次邀請不同領域的專家及代表討論後，研擬「藥師法第11條修正草案」，經行政院於103年4月25日函請立法院審議。除本部提出之版本外，另有五個不同版本由多位立委提出，共六個版本一起審議，歷經大體討論、公聽會、逐條討論會議及朝野協商等，參與討論之民眾、法律專家與學者、醫藥專業團體及各黨立法委員，除皆就各版本表達意見外，特別重視修正後的條文需充分達到憲法對工作權的保障及合乎全民最大利益。
衛生福利部期盼本次「藥師法第十一條修正案」能有機會在立法院臨時會期間排入議程，亦期盼各界能夠支持，共同保障民眾就醫權益與用藥安全，並且能夠讓全國藥師都享有符合憲法保障的工作權利。