本次澎湖空難事件，澎湖當地醫院醫療能量皆積極投入且應付得宜，不論是開顱手術、外傷、燒傷處理、葉克膜裝置等醫療處置且充分展現出應有的緊急醫療水準，後因應外地家屬地理就近照顧需求必須轉院後送臺灣本島，本部與當地醫院亦迅速安排家屬欲送往醫院，並協調國防部出動軍機協助，分別後送至高雄、台北等醫院，醫院間除做好病情轉診交班，並由專業醫護人員隨機陪同，迅速完成轉診後送醫療照顧任務，以協助家屬就地理方便要求之就近照顧，並非澎湖醫療能量不足或有所延誤。緊急空中後送有一定之適應症，空中後送存有高空艙壓等問題之風險，並非所有個案均適宜以空運方式轉送。當地醫院完善的於第一時間在地醫療與處置，其緊急處置能量已充分展現，功成圓滿，其中甚有家屬表示，請本部一定要獎勵感謝當地醫護人員專業與團隊。
在地醫療化為衛生福利部一貫重要政策方向，本部強化澎湖醫療在地化，採行的措施包括：醫學中心全年支援急重症專科醫師人力、本部澎湖醫院及三總醫療整合與分工、本部輔導通過中度級急救責任醫院、培育養成公費生補助衛生所重擴建、健保IDS合作計畫二、三級離島均有24小時醫師駐診等。為落實醫療在地化政策；自自2012年起，於醫學中心的任務指標增列「配合國家衛生醫療政策，提升醫療資源缺乏地區急重症照護品質」項目，醫學中心必須輔導或協助偏遠離島醫療資源不足地區醫院，提昇偏鄉緊急醫療及急重症照護品質。該計畫共補助六十七名專科醫師，提供急重症服務，指定的十九家醫學中心，支援十七家醫療資源不足地區醫院急診與相關急重症的醫師人力，協助離島及醫療資源不足地區的醫院，達成「醫院緊急醫療能力分級標準」的各項緊急醫療能力要求，以提昇醫療照護品質。
澎湖地區101年底開始由三總、奇美與高雄長庚醫院等三家醫學中心派急診醫學科、外科、胸腔科、神經、心臟等共8名急重症專科醫師全年支援部立澎湖醫院與澎湖三總分院，使得空中轉診後送病患轉診率下降，不僅降低病患死亡率、減少途中輸送風險，同時也免去病患及家屬舟車勞頓的不便；就社會與人力成本的付出，每年減少空中轉診後送的費用約四千萬元，確實達成提昇偏遠離島地區醫療成效的良策。
另外，衛生福利部澎湖醫院與三總澎湖分院的醫療服務分工，三總澎湖分院發展較偏向外科系，衛生福利部澎湖醫院的發展則傾向於內科系，相互支援，期使醫療整合，重症空中後送得以降低。每年提供兩院醫療營運維持所需費用，以維持穩定的醫療作業水準，並與高雄榮總及高雄長庚醫院合作遠距視訊，即時獲得大型醫學中心支援。
本次馬公空難事件，澎湖當地醫院醫療能量投入皆可圈可點，除當天即時的緊急醫療及時處置得宜，亦於人本關懷迅速完成家屬需求的轉診後送任務，並得到許多家屬的感謝，未來衛生福利部亦將賡續督輔協助離島醫療能量，繼續維持當地醫療品質。