隨著我國的社會變遷，生育率逐年下降，臺灣面臨少子化的問題。兒童是國家未來的主人翁，兒童醫療並非縮小版的成人醫療，在現行綜合醫院的架構下，兒科的規模遠不及成人，當兒童人數愈來愈少時，兒童健康照護品質更顯重要。設立兒童醫院能鼓勵兒童醫療朝向優質發展，追求卓越，亦有助於提升兒科重難症醫療品質。過往長庚醫療財團法人曾在82年興設兒童醫院並於86年登記為國內第一家獨立之兒童醫院，後因醫院評鑑考量而於96年與林口長庚醫院合併。
為營造兒童友善就醫環境、提升我國兒童醫療品質，立法院多位委員自101年起，持續關注兒童醫療問題，而衛生福利部將推動成立兒童醫院，強化兒科病人重難症的醫療照護，列為重要政策目標之一。兒童醫院的籌設在經過修正「醫療機構設置標準」、「兒童醫院評核作業程序」與「兒童醫院評核標準」等前置作業後，衛福部於今(103)年3月20日初審通過臺大醫院等4家醫學中心級醫院可以分設兒童醫院，其中臺大兒童醫院將於7月21日掛牌，8月1日起正式營運；馬偕紀念醫院及彰化基督教醫院分設之兒童醫院於向地方衛生局辦理開業登記後，即可陸續完成開設，正式開啟我國兒童醫療的新紀元。
近年來，衛福部已採取許多策略提升兒童醫療品質及就醫可近性，除已陸續調高兒童醫療的健保給付外，並且補助醫療資源不足地區24小時的兒科醫療，同時額外提供訓練滿一年的兒科住院醫師12萬元津貼，希望能吸引更多醫師為兒童服務。在衛福部積極推動多項措施下，迄102年兒科專科醫師領證人數為4,180人，今(103)年第一年住院醫師招收率不僅達到100%，尚有多位住院醫師等待候補，目前兒科醫師人力出現多年難得一見的榮景。
今年，衛福部更將規劃建置兒童重難症就醫友善網絡，初期將先針對兒童癌症、兒童外科、兒童加護病房（PICU）、新生兒加護病房（NICU）、兒童心臟及遺傳疾病等6項醫療服務建構「兒童友善就醫地圖」，使兒童照顧者能即時獲得國內具兒科特色的優質醫療資源，成為民眾就醫運用的參考。
為提升兒童醫療品質，衛福部並已研擬相關獎勵措施，以1.精進兒科醫療診斷處置能力，確保兒童能得到良好醫療照護品質；2.鼓勵兒科臨床醫學研究，提升兒科臨床照護品質；3.建立我國兒科醫療指標資料庫，促進兒科臨床醫療照護品質等為獎勵重點，希望透過上述措施，促使我國兒童醫療照護更為卓越精進。