衛生福利部為改善醫療五大皆空情形，推動醫療刑責合理化、明確化，免於醫病雙方纏訟動輒2到10年的窘境，擬定「醫療糾紛處理及醫療事故補償法草案」，包含關懷、調解、補償等處理機制，經立法院社福及衛環委員會10次會議逐條審議，並於103年5月29日朝野黨團完成第7次協商，最後保留1條條文（草案第32條）。然近來外界對該法案提出多項建言，因此，衛福部於104年5月8日邀集立委、醫改會、消基會及醫界代表（包括醫院團體、醫師公會、醫勞盟、台灣醫學生聯合會、醫師勞動條件改革小組等），又於104年5月14日邀集各類醫事人員公會（包括中醫師、牙醫師、藥師、醫事檢驗師、醫事放射師、護理師、助產師……等18個公會），就協商版草案理性討論、充分溝通，另邀請先前協助制定該法案並在立法院衛環委員會審查時受邀之學者，包括國立臺灣大學法律學院前院長陳聰富教授、國立臺北大學名譽教授暨台灣刑事法學會名譽理事長甘添貴教授、國立陽明大學公共衛生研究所楊秀儀副教授及中華民國消費者文教基金會名譽董事長謝天仁律師等，再度審視本法案，提供建設性意見。衛福部綜合各界許多建言，將提出修正備案送請立委參考，包含以下11項建議重點：
一、 刪除「醫療常規」。
二、 將「初步鑑定」改為「專業評估」。
三、 調解當事人任一方不到場，其罰則相同。條文並未規定醫事人員必須親自到場，可由醫療機構派代表出席。
四、 補償制度分階段實施，不限於「五年內」。
五、 補償制度各階段實施前，須與相關領域團體充分溝通。
六、 醫療風險分擔金由「醫療機構」繳納，非由「醫事人員」繳納，且不得轉嫁於醫事人員。
七、 明訂生產風險事故之補償基金來源，由政府預算撥充。因生產有異於一般對疾病的治療。
八、 醫療機構繳納醫療風險分擔金，以醫療機構每年醫療收入的「千分之一」為「上限」，其餘由政府預算、菸品健康福利捐、捐贈收入等補足，不必再討論醫界與政府分擔比率。
九、 醫療事故補償之要件，原限於該醫療事故與醫療行為「無法排除因果關係」者，擴大至「有因果關係」及「無法排除因果關係」者。
十、 因可能需透過財稅有關機關提供醫療機構非屬健保之醫療收入資料，以計算其應繳納之分擔金。但為免誤解，刪去強制條款文字。
十一、 分析醫療事故根本原因時，可能原因也包括「全民健康保醫療費用支付制度」及「勞動條件」。
對於「醫療機構」的定義，衛福部表示，將在立法說明中敘明。依醫療法第2條規定，醫療機構係指「供醫師執行醫療業務之機構」，例如醫院、診所。而其他像是藥局、護理之家、檢驗所等醫事機構，並非醫療機構，不是醫糾法規範的主體，不須負擔醫糾法草案規定醫療機構之義務。但只要是醫療糾紛，不論發生場所在醫院、在護理之家或在宅，進入訴訟前都必須先行調解，不能直接訴訟，對在醫院診所以外醫事人員執業環境亦有保障。衛福部表示，在醫院、診所執業的醫事人員約有20萬人，在其他地方執業者約有6萬人，皆可連帶受到保障。
部分與會團體代表建議明訂領取補償後不得提告，或須先完成返還補償金否則法院不得受理等。因立法院協商版醫糾法草案精神即是補償與訴訟互斥；若訴訟則不予補償、若補償則不應訴訟。但經各次討論，因有限制訴訟權的疑慮，須審慎考量。
衛福部強調，醫糾法草案是不責難的精神，不講個人的責任、過失，而能保障醫療機構裡的所有醫事人員。若發生醫療糾紛，應由醫療機構主動溝通、關懷；若進入調解，也應由醫療機構出面調解；若對事故進行根本原因分析，也檢討系統性問題而非追究個人責任。
衛福部表示，醫糾法草案及醫療刑責合理化的推動歷程十分艱辛，經過十餘年的努力，目前協商版本的草案，是十餘年來醫界與法界、政府與民間，最接近達成共識的一次。期待諸位立委及各界的支持，能在今年6月立法院本會期結束前三讀通過，完成立法。衛福部將持續與立委及大眾溝通說明，並將尊重立法院決定，於法案公布後逐步建立我國完善之醫糾處理及醫療事故補償機制。