衛生福利部為改善醫療五大皆空情形，推動醫療刑責合理化、明確化，擬定「醫療糾紛處理及醫療事故補償法草案」，經立法院社福及衛環委員會10次會議逐條審議，於103年5月8日完成審議，並於103年5月29日朝野黨團完成第7次協商，最後保留1條條文（草案第32條）。但近來外界對該法案仍有不少建言，因此，衛福部於104年5月8日邀集立委、醫改會、消基會及醫界代表（包括醫院團體、醫師公會、醫勞盟、台灣醫學生聯合會、醫師勞動條件改革小組等），與會人員就協商版草案理性討論、充分溝通，衛福部感謝所有與會團體及人員認同立法意旨良善，會中所提四項建設性建議將送請立委參考，包括：
一、 協商版草案第7條的「初步鑑定」建議文字修改為「專業評估意見」。
二、 協商版草案第33條醫療風險分擔金，建議明訂以醫療機構每年醫療費用總額千分之一為上限。
三、 草案第32條補償基金來源，建議明訂醫療風險分擔金、政府公務預算等來源之比率及額度。
四、 協商版草案第39條建議增列補償金須先返還才能提告之規定，但與會者也提出限制訴訟權的疑慮，須審慎考量。
在維護民眾權益方面，消基會對醫糾法草案持肯定態度，衛福部也感謝消基會認同立法意旨在於預防醫療傷害發生及促進醫病和諧。醫改會強調醫糾法草案內容除了補償之外，建立關懷、調解、除錯等機制的重要性，因此肯定衛福部所提醫糾法草案中已明訂相關機制的建置。
有關外界誤解補償金會占用健保，衛福部在會中再予澄清，補償基金的支出，不會占用或排擠到健保的總額。衛福部也澄清醫糾法草案並未排除自費醫療或非健保特約的醫療機構，若未來訂定補償基金適用對象包括非健保特約醫療機構時，第44條規定可以請其提供自費醫療費用等資料。
外界質疑，醫事人員必須親自出席調解，限制醫事人員人身自由，是否有違憲之虞？衛福部說明，對於調解的部分，草案第16條寫的是「醫療機構或醫事人員」，並未規定一定要醫事人員親自出席。醫改會在會議中亦肯定草案第19條第2項明訂調解過程如有強暴、脅迫等情形由警察機關到場處理，對調解的安全更有保障。
台灣婦產科醫學會代表於會中指出，醫糾法建立在不責難精神，依衛福部生育事故試辦計畫的經驗，透過適當補償或救濟管道處理，已大幅減少7成訴訟，也已較減少產科醫療機構或醫師花錢私了的情形；目前婦產科住院醫師的招收率更達九成以上，婦產科新血大有挹注。醫勞盟雖反對醫糾法草案，但在會中也釋出善意，不反對立法通過，由婦產科或是其他領域先行小規模辦理。
此外，衛福部前於104年5月6日邀請先前協助制定該法案並在立法院衛環委員會審查時受邀之學者，包括國立臺灣大學法律學院前院長陳聰富教授、國立臺北大學名譽教授暨台灣刑事法學會名譽理事長甘添貴教授、國立陽明大學公共衛生研究所楊秀儀副教授及中華民國消費者文教基金會名譽董事長謝天仁律師等，再度審視本法案，三項建言亦將一併送立法委員參考：
一、 「醫療常規」建議自協商版草案第7條刪除。
二、 協商版草案第7條的「初步鑑定」建議文字修改為「專業評估意見」。
三、 協商版草案第38條補償要件中，建議明訂以無法排除及有因果關係者為限。
衛福部強調，如果站在醫師個人角度，則醫師公會應推動商業醫療責任險；但如果站在國家的高度，為了改善五大皆空，兼顧民眾權益及醫法和諧，並且作為推動醫療刑責合理化的配套法案，應儘速推動「醫療糾紛處理及醫療事故補償法」。衛福部將持續與立委及大眾溝通說明，醫糾法草案各界建言將送立法委員協商參考，除了建議增列須先返還補償金才能提告之規定涉人民訴訟權需審慎評估外，皆敬表認同，期盼朝野立委共同儘速協商完成立法。衛福部將尊重立法院決定，於法案公布後逐步建立我國完善之醫糾處理及醫療事故補償機制。