醫院評鑑制度歷經多次改革，本（104）年起將實施更新一版之醫院評鑑制度（104年至107年適用）。新版醫院評鑑制度之改革目標係落實以病人照護及安全為主體之評鑑，導入「以病人為焦點之查證方式（Patient Focus Method，PFM）」，藉由現場查證病人之照護流程，評核醫院之醫療品質，以降低干擾醫院日常作業，持續推行病人安全及醫療品質之促進，改革方向從「簡化」、「優化」、「日常化」著手。
於「簡化」方面，本部已精簡醫院評鑑項目（現行基準已由原238項精簡為188項）及簡化評鑑文書作業，尤其是護理文書，以減少各醫院之負擔。另考量醫療機構設置標準對於規模大小醫院之基本要求不同，以100床作為區分點，訂定100床以上與99床以下之不同版本評鑑基準。
於「優化」方面，將評鑑基準範圍擴大：納入牙科、中醫、安寧等評量項目，並強調員工照顧、支持與關懷，加強檢視「護理時數合理」、「醫師合理工作量」、「住院醫師值勤時數」等基準內容。同時導入「以病人為焦點之查證方式」，藉由現場查證病人之照護流程，瞭解基層醫療人員的決策，讓評鑑重點由書面資料的佐證轉變為病人安全及照護系統實際面的評估，以確實減少醫院不必要之文書作業，並落實以病人為中心、病人為導向的照顧，強化團隊合作。
於「日常化」方面，本部已強化資訊系統填報功能，並建構一套持續性監測制度，由醫院定期回報資料，可於平時監測醫院醫療品質相關數據，評鑑時提供委員參考，並可簡化醫院文書準備作業。
此外，本部亦針對評鑑委員制度進行改革，已修訂評鑑委員遴聘要點，重新遴選、引進中生代之評鑑委員，加強評鑑委員之訓練，強化評鑑委員之評鑑方法、評鑑技巧，以及注重新版評鑑基準共識之建立。
經多年努力，醫院評鑑已打破病床規模、科別設置之醫療品質分級迷思，並強調醫療品質、醫院功能為原則，透過瞭解病人整體照護過程以及醫院的宗旨來作評鑑，已從結構面轉為加強過程及結果面之評核；精簡評鑑基準、簡化評鑑文書作業，及改善評鑑委員制度，著重實務面之評量，導入以病人為焦點之查證方式，加上持續性監測系統，多項改革可減輕醫院準備評鑑之負擔，落實對醫院日常服務作業之實際查證，將有益於整體醫療品質之具體提升。