衛生福利部辦理「八仙樂園粉塵暴燃事件」辛勞獎勵津貼，提供53家收治醫院之醫師與醫事人員團隊申請，截至今日僅有38家醫院來函申請，尚有14家醫院尚未來文申請。津貼分為二階段發放，已完成撥款醫院共計5家(完成第一階段 (6/27-7/15) 津貼核撥之醫院有4家；完成二個階段津貼核撥之醫院有1家)。
行政院設置八仙案辛勞津貼，係為感謝各收治醫院照護團隊於兩個月來辛苦投入，為使照護團隊內每位醫師與醫事人員均能感受行政院的慰勉，
衛生福利部於9月11日召開各院津貼發放報告與審查會議，共識請各醫院辦理核發津貼時，應注意公平性及「團隊精神」。因為按照行政院之津貼核定，每個醫院的津貼是依據所收治燒傷患者之面積、人數及期間長短等計算出一個總額，由醫院予以妥善分配於照顧團隊醫師與醫事人員，以每一位醫師2個月共60日（6/27-8/26)申請以不超過90萬元應屬合理。另由於主治醫師已領有PPF及薪資，此津貼是額外獎勵，「非薪資」，代表行政院予以辛勞慰勉。
此外，衛生福利部為使醫事人員儘速領得本辛勞津貼，除持續積極加速撥付各醫院申請津貼作業外，並將先予預撥第一階段經費給予各醫院，如遇有醫院發生醫師個人請領過高部分，衛生福利部並不會收回，而是退回請醫院「再分配」給「醫療團隊的其他醫師」。