當各國積極發展質子治療設備時，政府於民國98年12月15日核准林口長庚紀念醫院創設國內首座質子治療設備，終於在今(104)年建置完成。除了目前已正式營運的林口長庚醫院外，還有已核淮設立的台大癌醫院、高雄長庚醫院、中國醫藥大學附設醫院、彰化基督教醫院、台北醫學大學附設醫院、高雄醫學大學附設醫院等醫療機構，亦已獲衛福部核准興設。
　　在全國第一家「質子暨放射治療中心」開幕之際，衛福部鑒於強化監督管理之必要，確保質子治療之醫療品質，爰公告修訂「特定醫療技術檢查檢驗醫療儀器施行或使用管理辦法」之「醫用粒子治療設備」管理內容，並強調：醫療機構建置及運作醫用粒子治療設備，應接受衛福部所設「醫用粒子治療設備監督會」之督導，醫療機構未來之營運、建置、運用，包括對國人收費的上限、醫用粒子治療設備之適應症、對治療後病人之追蹤管理等，都將納入監管範圍。
　　另為強化醫療機構對質子治療設備操作人員之專業程度，規定設立「單機型質子機」之醫療機構必須有專任之放射(腫瘤)專科醫師五人以上，其中至少二名須具專科醫師年資滿五年，還要有專任之醫學物理專業人員三人以上及專任之醫事放射師二人以上。至於設置「多治療室質子機」則除以上條件外，每增加一間治療室需增加二位放射(腫瘤)專科醫師、一位醫學物理專業人員及二位醫事放射師，其條件已更加嚴謹。
　　目前全球在運轉治療癌症病人的質子治療設備共計五十台，包含美國、日本、德國、義大利、俄羅斯、中國、法國…等，包含台灣在內，僅有十六個國家設置。由於質子具減少傷害腫瘤附近正常組織的特性，目前也是各國從事癌病放射治療的臨床研究重要設備，衛福部會密切關注該項科技發展。台灣質子治療的費用，約為國外的三分之一，具國際醫療競爭優勢，可推廣到全球，使臺灣的醫療優勢更具能見度。
全國第一家「質子暨放射治療中心」的設立，為台灣在尖端醫療技術發展及癌病治療邁入新的里程碑，但質子治療的費用較一般治放射線治療昂貴許多，這些設置質子治療設備的醫院為善盡社會責任，訂有回饋民眾的機制，設有獨立基金或專款帳戶，每年提撥一定比率的盈餘補充該基金或帳戶，以限定用途、專款專用方式來補助貧困、弱勢病人之治療費用。