本次0206震災，根據本部緊急醫療救護系統(EMS) 截至今(2/14)日上午6時統計資料，送醫救治共560人(台南市508人、高雄市36人、嘉義市7人、嘉義縣4人、彰化縣3人、雲林縣1人，台北市1人)，分布於7縣市34家醫院，509人已出院（含9名於醫院急診室判定為到院前死亡）。目前0206地震災害傷者，仍住院傷患尚有51人(臺南50人，高雄1人)，有9人於加護病房救治。
為因應永康災區需求，急救責任醫院全力配合，於現場設立醫療站並堅持到最後時刻。衛福部緊急南區醫療應變中心(以下簡稱REMOC基地醫院(成大醫院)更直至所有搜救人員完成撤離後，於2月14日10時45分撤離，堅守崗位達192小時。另一現場醫療站（奇美醫院）於維冠大樓最後一位失蹤者尋獲後，於2月13日19時撤離，堅守崗位達175小時，
本次震災現場醫療站自2月6日中午起於現場設置四個醫療救護站(南、北、東、西站)，由本部南區REMOC所轄急救責任醫院：成大醫院、奇美醫院、安南醫院、臺南市立醫院自動自發派遣醫護人力前往各站支援，協助傷患現場緊急醫療救助。自2月8日起，經現場醫療需求評估，醫療救護站合併為兩站(南、北兩站)，由成大醫院及奇美醫院繼續支援，截至2月14（今）日中午止，四家醫院共計動員醫師84人次、護理師88人次、行政志工23人次以上。
現場醫療站撤離後，成大醫院預計於2/15派遣精神科醫師及心理師至殯儀館撫慰災民及家屬。此外，全國各地醫院如部立臺南醫院、國軍岡山醫院、國軍高雄總醫院、國軍左營分院、嘉義基督教醫院、臺北耕莘醫院、海軍總醫院等熱心醫護人員自發性前往災區提供醫療救護協助。另，南區精神醫療網、台南市臨床心理師公會、台南市諮商心理師公會、嘉南療養院、臺南市物理治療師公會提供家屬及災民撫慰與心理諮商。
衛福部緊急醫療應變中心(以下簡稱REMOC)自2月6日凌晨事件發生後立即開始應變，於第一時間監測事件發生後，除由6區REMOC確認區域內所有急救責任醫院均運作無虞之外，並責成南區REMOC（成大醫院）主責監控地震災害之發展及蒐集傷病患處理情形，臺北區REMOC（台大醫院）協助彙整各急救責任醫院緊急醫療資源相關訊息，且中區REMOC（台中榮總）、高屏區REMOC(高雄榮總）主動整備資源，隨時準備支援。南區REMOC莊佳璋執行長堅守第一線，高屏區REMOC黃豐締執行長與北區REMOC（林口長庚醫院）蕭雅文副執行長亦至現場協助醫療，隨時協調各REMOC投入支援。並與南區國家災難醫療救護隊(NDMAT)合作，NDMAT除提供照明，帳篷等支援設備，醫護人員、EMT甚至志工主動積極於現場協助醫療諮詢及醫療站設置，並運用救災專業知識，隨時提供救災現場安全即時建議，做為災害現場安全維護之重要參考。
此次春節長假期間，發生0206地震災害，動員許多醫療救護人員。馬英九總統與張善政院長於震災後，多次到台南成大醫院，奇美醫院，新樓醫院，臺南高榮，部立臺南，部立臺南新化分院等醫院，探視慰問受傷民眾，為民眾加油打氣，也嘉勉醫護同仁提升士氣。蔣部長指示，衛福部將持續協助傷者恢復健康，準備後續傷殘復建及身心治療的醫療資源與協助，並將持續全力協助災區後續重建工作，主動提供各項心理關懷與諮詢服務。
蔣部長再次感謝各界協助，並特別感謝此次參與傷患救治之醫事人員，在傷患搶救過程與後續照護中發揮至關重要之關鍵作用，並請醫護人員注意身心健康。衛福部官網(www.mohw.gov.tw)已設立「0206震災專區 - 災後復原重建相關民眾濟助事項一覽表」專區，並成立諮詢專線供各界查詢運用，歡迎民眾多多利用。