在許多人的觀念中，醫療機構倒閉或解散是不可能發生的事。然而近年來，醫療機構在產業競爭激烈、保險機構成本監控的強大壓力下，不論是基於自願性質的停止服務，或因為經營不善而被迫宣告倒閉；解體消失的醫療機構是越來越多了。雖然醫療財團法人有一定之經營規模，並定期接受衛生主管機關之監督管理，惡性倒閉之風險較低；但若經營者抱持管理傳統慈善機構方式，或誤認為醫院管理僅是診所管理之擴大延伸，一味尋求服務之極大化，而未適度引進管理之措施與技巧，仍有經營不善而倒閉之可能。然而醫療財團法人為一財產之集合體，其結束服務，除需善盡病人服務之延續性安排、債權清償之義務外，尚須考量財產清算之合理程序、剩餘財產之公正處理等事宜。以下分就解散事由、程序及財產清算處理方式說明。
一、 解散事由及程序
我國醫療法規對於醫療財團法人解散並未明確規範。民法第三十六條指出法人之目的或其行為，有違反法律、公共秩序或善良風俗者，法院得因主管機關、檢察官或利害關係人之請求，宣告解散。民法第六十五條表示因情事變更致財團之目的不能達到時，主管機關得斟酌捐助人之意思，變更其目的及其必要之組織或解散之。概括而言，醫療財團法人之解散事由包含：
- 達成依章程所定之解散條件（如目的事業之完成；存立時期之屆 滿等）；
- 無法依章程達成其興設目的事業；
- 所擁有資產不足以清償其負債者；
- 與其他機構合併後廢存者；
- 辦理不善或違反設立許可條件者，經中央衛生主管機關糾正，逾期不改善或情節重大者，遭撤銷許可；
- 違反法律、公共秩序或善良風俗經主管機關、檢察官或利害關係人之請求，裁判宣告解散。
前三項解散事由，如由醫療財團法人提出，應依議決重大事項之處理程序召開董事會，並於會議中（一）詳加說明解散事由、提供充分佐證資料，並就後續處理規劃（病人安排、員工權益、債權人權益、財產清算、歸屬）等事項充分討論，經出席董事三分之二以上同意之事項達成決議；（二）擬就解散規畫說明書；詳實記載該次會議討論過程於董事會議紀錄。董事長應檢具該次董事會議紀錄，解散規劃說明書，專案呈請中央衛生主管機關審核同意。
中央衛生主管機關就該案之審查，得提請醫療財團法人補充說明相關資訊；並會請相關主管單位提供意見。必要時，並得邀集相關機構組織及專業人員組成諮議委員會，進行審查。醫療財團法人於取得中央衛生主管機關之同意函後，方可依法定程序進行清算解散之相關事宜，並至地方法院辦理清算人任免或變更、清算終結、解散等登記。法人登記證書影本並應函送中央衛生主管機關核備。
聲請醫療財團法人解散之主體，除了醫院本身之外，法院得應中央衛生主管機關、檢察官或利害關係人之聲請，宣判醫療財團法人解散。如第一章所述，法人之人格係法律所賦予，因此也得依法律予以剝奪。中央衛生主管機關針對違反法律、公共秩序、善良風俗或辦理不善或違反設立許可條件之醫療財團法人，依醫療法第四十一條，得予糾正，並令限期改善；逾期不改善或情節重大者，則撤銷其許可，並通知法院。
二、 財產清算
至於財團法人聲請解散，有關財產清算之處理，民法有較詳盡之規範；包括財產清算之程序、清算人之選定、清算人之職務及剩餘財產處理方式。民法第六十五條則授予衛生主管機關解散醫療財團法人之權利。民法之相關規定包括民法第三十七條指出法人解散後，其財產之清算由董事為之，但其章程有特別規定，或總會另有決議者，不在此限。民法第三十八條則表示不能依前條規定定其清算人時，法院得因主管機關、檢察官、或利害關係人之聲請，或依職權選任清算人。民法第三十九條表示清算人，法院認為有必要時得解除其任務。在民法第四十條中則指出清算人之職務包含了結現務、收取債權並清償債務、移交賸餘財產於應得者、法人至清算終結止在清算之必要範圍內視為存續。民法第四十一條指出（法人）清算之程序，除本通則有規定外，準用股份有限公司清算之規定。民法第四十二條也有相關規定指出法人之清算屬於法院監督，法院得隨時為監督上必要之檢查及處分；法人經主管機關撤銷許可或命令解散者，主管機關應同時通知法院。法人應依章程規定或總會決議解散者，董事應於十五日內報告法院。民法第四十三條指出清算人不遵法院監督命令或妨礙檢查者，得處以五千元以下之罰鍰。董事違反前條第三項之規定者，亦同。
民法有關法人解散後，財產清算之程序相當明確，以法院為主要監理機關；而衛生主管機關之角色功能並不明確，實際參與監督查核清算程序之權責相當有限。醫療財團法人聲請解散，董事為當然之清算人；但捐助章程中另有規範者不在此限。若無法依前述原則選定清算人，或清算人職務遭法院解除者，法院得因主管機關、檢察官、或利害關係人之申請，或依職權選任清算人。
清算人之職責包括（一）了結現務；（二）收取債權，清償債務；（三）移交賸餘財產於應得者。清算尚未終止前，在清算的必要範圍內，醫療財團法人仍視為續存，享有其法律權利與義務。
三、 財產歸屬
至於醫療財團法人解散後其賸餘財產之歸屬，民法規範依捐助章程規定辦理，其意在尊重捐助人之意旨。但多數醫療財團法人為求順利取得稅捐稽徵機構有關公益法人免稅優惠之資格認定，多於其捐助章程中規定其賸餘財產歸屬於法人事務所所在地之地方自治團體。然而解散後剩餘資金之指定運用權益與年度賦稅減免之權益，孰重孰輕，頗值得醫療財團法人思量。對於醫療財團法人解散後由其他非營利性質醫療機構接收經營、或與其他醫療財團法人合併時，其財產是否仍應經過清算之法定程序，交付地方自治團體，再由接管之醫療機構購買；或有其他合適程序，值得進一步討論。我國有關法人解散後財產歸屬依民法第四十四條指出法人解散後，除法律另有規定外，於清償債務後，其賸餘財產之歸屬應依其章程之規定或總會之決議；但以公益為目的之法人解散時，其賸餘財產不得歸屬於自然人或以營利為目的之團體。如無前項法律或章程之規定或總會之決議時，其賸餘財產歸屬於法人住所所在地之地方自治團體。
