有關108年度健保總額，本部於本（107）年8月10日交付健保會，依全民健康保險法第5條及第61條規定，在行政院所核定之總額成長率範圍2.516% ~ 4.5%(若含可額外增列C肝口服新藥費用，則上限為4.7%)內，協議訂定該年度醫療給付費用總額及其分配方式，報主管機關核定。

全民健康保險會(以下稱健保會)依法定執掌，於本(107)年9月27日召開總額協商會議，由保險付費者代表和醫事服務提供者進行協商，該會專家學者及公正人士、政府機關代表也與會提供意見，就108年度牙醫門診、西醫基層、中醫門診、醫院等部門總額與其他預算進行協商。歷經14小時討論，各總額部門均達成共識，健保會協定108年度健保總額為7139.78億元，較107年度總額(6850.86億元)預算成長4.217%。

健保會協定之108年度健保總額，與107年度核定總額相較，牙醫門診總額成長3.433%（總金額約450.17億元）、西醫基層總額成長4.067%（總金額約1392.24億元）、中醫門診總額成長4.429%（總金額約259.18億元）、醫院總額成長4.428%（總金額約4909.99億元），其他預算編列128.21億元。 詳細數值如下表。

108年度總額預算協定結果，為持續推動分級醫療，提升健保給付效益，編列預算30.13億元，用於強化基層照護能力、鼓勵院所建立轉診合作機制。於「新醫療科技」項目增加 30.7億元，以引進新醫療服務項目、新特殊材料以及新藥，減少民眾自付費用之負擔；且自108年度起，將「牙周病統合照護計畫」導入一般服務，編列預算28.08億元，以提升全民口腔健康；另新增預算5億元用於提升居家醫療照護服務。