護理及健康照護司前身為行政院衛生署護理及健康照護處，於93年7月1日成立，時設長照科、護理科及山地離島科三科。

102年7月23日衛生福利部成立，為發展長期照護體系，強化護理及助產業務，提升原住民族及離島地區健康照護品質，本司設為四科，第一科為長照科，第二科為護理科，第三科為原住民族及離島健康科，第四科為法規及機構管理科，提供全民更優質之健康照護服務。為推行長照2.0政策，本司於105年8月22日成立第五科-長照政策推展科。107年9月3日本部處務規程修正，本司改設為三科，第一科為法規及機構管理科，第二科為護理科，第三科為原住民族及離島健康科。