根據本部疾病管制署統計，臺東縣腸病毒疫情已進入流行期。衛生福利部已請臺東縣衛生局密切掌握轄區兒科醫療資源，與轄區2家腸病毒責任醫院（馬偕醫院臺東分院、台東基督教醫院）保持聯繫，針對疫情期間門急診病人與住院需求可能增加，應強化院內病床與加護病房之調度與院際間轉診合作機制，避免可能發生之急診壅塞，必要時請衛生局協調醫院轉診、葉克膜等醫療設備調度相關事項。
衛福部今(105)年「醫學中心或重度級急救責任醫院支援離島及醫療資源不足地區緊急醫療照護服務獎勵計畫」，由5家醫院派7名支援醫師支援臺東馬偕醫院、2家醫院派3名支援醫師支援部立台東醫院。其中由臺北馬偕醫院支援臺東馬偕醫院兒科醫師1名，可立即提供兒科醫療資源。另有國泰醫院支援急診醫師1名、花蓮慈濟醫院支援加護病房醫師1名、中山附醫支援急診醫師1名等急重症醫師，提升臺東縣緊急醫療照護品質。
衛福部持續透過電話會議、視訊會議與通訊群組，與各縣市衛生局即時溝通，並提醒各縣市衛生局應督導醫療院所及早因應今年腸病毒疫情，各醫療院所應持續監測院內醫療資源與調度機制，即時調控與因應，避免壅塞。目前醫院能力評鑑除急診留觀或等待住院超過48小時以上人次比例等數據指標外，為貼近病人真實照護面，將以病人為中心，著重於病人之照護流程。例如在疫情或重大災害發生時，緊急或大量傷病患的調度機制、假日或夜間應變措施、急重症照護品質、轉診與病床緊急調度、葉克膜等重要儀器調度、人力支援機制等內容，再對照評定基準予以評核。因此醫療院所平時即應建立病人等待病床應變、轉診機制、加護病床調度、醫療儀器調度與病房作業規範等重要管理內容，並持續辦理品質監測、統計與討論改善，以利提供民眾即時醫療照護，並維持良好醫療品質。衛福部與地方衛生局亦將全力支持各醫療院所調度、轉診機制，協助醫療院所因應。
目前衛福部與縣市衛生局充分合作，透過緊急醫療管理系統(EMS)掌握醫療院所加護病床與呼吸器數量、與中華民國體外循環技術學會合作掌握葉克膜數量、與台灣兒科醫學會合作掌握連續性靜脈對靜脈血液過濾術(CVVH)等資訊。統計至4/19 9時止，76家腸病毒責任醫院的加護病床開放數為5,123床，尚有833空床(其中小兒科151床、新生兒114床)；56家醫院備有葉克膜143台，其中82台空機。目前9家醫學中心有幼童專屬CVVH 11臺，如把成人用可改管徑的CVVH計入，醫學中心共有69臺成人用CVVH。
衛福部與地方衛生局將持續協助醫療轉診與調度等事宜，以確保病患獲得妥善之治療，六區緊急醫療應變中心(REMOC)亦將加強注意區域內重度急救責任醫院急診即時資訊，依嚴重程度與緊急醫療作業需要，評估與協助後續因應作為，在中央與地方合作下，讓民眾獲得妥適之醫療服務。