衛生福利部針對醫療財團法人歷年財報分析，指出醫療財團法人近5年依法提撥作公益用途達437億元，回饋社會。其中辦理公益用途費用最多者為「長庚醫療財團法人」、「財團法人臺灣基督長老教會馬偕紀念社會事業基金會」、「佛濟慈濟醫療財團法人」等3家大型醫療財團法人，而部分醫療財團法人如「埔基醫療財團法人」、「恆基醫療財團法人」、「東基醫療財團法人」雖然醫務利益虧損，依法無須提撥，但仍特別撥出經費，致力幫助偏遠地區民眾。
依據醫療法第46條及醫療法施行細則第30條之1規定，我國醫療財團法人應分別提撥10%醫療收入結餘，辦理「研究發展、人才培育、健康教育」及「醫療救濟、社區醫療服務及其他社會服務事項」，這些社會服務事項包括：協助貧困弱勢家庭、輔導病人或家屬團體、辦理社區醫療保健、便民社會服務、配合政府政策辦理國際醫療援助等，其中大部分係用於貧困弱勢家庭醫療費用補助，對於弱勢民眾照顧助益甚多。
衛福部說明，醫療財團法人共計48家（以103年底營運中者計算），依據經會計師簽證之財務報告顯示，近5年來，醫療財團法人依醫療法相關規定，合計應提撥至少119.8億元（辦理醫療社會服務及教育研究發展各約59.9億元），而實際投入辦理醫療社會服務（約128億元）及教育研究發展（約309億元）費用共達437億元，是法令規定的3.6倍之多。其中「長庚醫療財團法人」（醫療社服43億元，教育研究111.9億元，共約155億元）、「財團法人臺灣基督長老教會馬偕紀念社會事業基金會」（醫療社服9.8億元，教育研究34億元，共約44億元）及「佛教慈濟醫療財團法人」（醫療社服14億元，教育研究29.9億元，共約44億元）3法人皆高於其他醫療財團法人。而未設立醫院者，則以「醫療財團法人台灣血液基金會」（醫療社服1.9億元，教育研究11億元，共約12.9億元）最高。
衛福部進一步指出，大部分醫療財團法人提撥辦理社會服務、教育研究費用皆高於法定比例，以103年為例，醫療社會服務之費用部分，「信義醫療財團法人」較法定提撥金額（應提撥5千餘元）高出73倍，「埔基醫療財團法人」（應提撥176萬餘元）及「天主教中華聖母修女會醫療財團法人」（應提撥465萬餘元）等法人亦高出10倍以上。在教育研究發展部分，「埔基醫療財團法人」（應提撥176萬餘元）高出31倍，而「信義醫療財團法人」（應提撥5千餘元）、「天主教耕莘醫療財團法人」（應提撥1357萬餘元）、「醫療財團法人辜公亮基金會」（應提撥894萬餘元）等法人皆達法定提撥金額的10倍以上。
衛福部特別提到，即使是近5年曾有醫務活動虧損者，如「中心診所醫療財團法人」、「同仁院醫療財團法人」、「醫療財團法人病理發展基金會」、「秀傳醫療財團法人」、「埔基醫療財團法人」、「恆基醫療財團法人」、「東基醫療財團法人」…等，亦積極辦理相關公益事項，例如埔基的社福金用於貧困、弱勢、無依路倒病人之醫療及看護費用補助、偏鄉家庭就醫住宿服務，以及山地偏鄉地區緊急醫療站及專科巡迴醫療，並推動長照到宅服務等，對地方助益甚大，十足彰顯醫療財團法人之公益性，致力回饋社會。
醫療法第34條第2項亦規定，醫療法人應於年度終了5個月內向衛福部申報年度財報，申報率已近90%；而未申報者共5家，為「財團法人大順綜合醫院」、「財團法人長泰醫院」、「財團法人博濟醫院」、「財團法人景仁醫院」、「財團法人聖大醫院」，主要係因久未營運及待解散，衛福部已輔導依程序辦理法人解散事宜。衛福部也聘請會計、稅務專家審查財報，並公開於衛福部網站。衛福部重申，醫療財團法人應確實依法申報，藉由公開財報，更能讓社會大眾瞭解其回饋社會之貢獻。
衛福部表示，為彰顯醫療財團法人的公益本質，行政院已經二次將醫療法修正草案送請立法院審議。草案重點包括：醫療財團法人收入結餘應優先提升員工待遇及增聘人力，並要求增設監察人、董事會成員納入員工代表及社會公正人士，以及主動公開捐助章程、財務報告、關係人交易等。若能順利修法，可讓法人自治以及政府監督管理更公開透明，也更有效率，更能提升員工士氣，也可讓醫院獲得社會各界更多的信賴、肯定與支持。