衛福部表示，目前針對醫療財團法人財務監理已有三重監理機制：

（一）醫療財團法人依照醫療法第34條規定，醫療財團法人每年都必須向中央主管機關申報經會計師簽證之年度財務報告；

（二）本部每年皆委請資深會計師、財務管理專家、法律專家及公益團體代表組成審查小組，就其年度財報及董事會運作進行書面及實地檢查；

（三）每年之審查意見都併同財務報告包括關係人交易揭露，全部公開於本部網頁供大眾查閱。

衛福部指出，本次修法新增醫療財團法人應辦理提升員工薪資、福利或增補人力事項，已明訂於醫療法第46條。除訂有罰則外，並有中央主管機關得會同有關機關對公益支出及提升員工薪資、福利或增補人力辦理事項進行專案檢查之設計，待修法完成後，預計可讓衛福部有效監督管理醫療財團法人。

另外，有關董事會治理方面，因治理醫療財團法人需要高度醫療專業性，且醫療法亦定明財團法人醫療機構之董事名額、董事應具有目的事業專門知識者之最低比例。爰本次修法亦參考醫療法本文規定，除強制醫療財團法人應設監察人外，另外為了強化專業監督，遂於本次修正案中增訂由衛福部加派具醫事人員資格的公益監察人，讓具有醫療專業知識與經驗的專業公益監察人，協助其他開放資格性質的監察人監管醫療財團法人使其遂行公益任務。

使醫療財團法人董事會治理及財務更加公開、透明，並能提升其員工士氣，善盡社會責任，係政府不變之決心與信念。本次醫療法修正案是衛福部多年來努力推動的重要法案，衛福部尊重立法院之協商結果，並希望各界支持修法，以利醫療法人永續經營，增進國人健康福祉。