6月27日晚上8時30分左右新北市八仙水上樂園舞台上疑因粉塵爆炸，造成大批遊客灼傷事件後，本部立即啟動大量傷病患機制，包括緊急醫療管理系統開案，俾利各醫院填報傷病患，以掌握傷患去向與收治動態，並且馬上電話連絡台北市、新北市、基隆市、桃園縣四個縣市衛生局與其所轄醫院暨其燒傷病房與加護病房全面整備收治。
事件現場亦開設醫療站，由新北市聯合醫院三重院區與台北市國泰、台安、北醫、台北市聯合醫院5個院區，共計8組醫護人員至現場予以救護處理。本部也協調基隆、桃園與台北市政府衛生局民間救護車支援新北市政府衛生局，以協助縣傷患後送。
此外，本部已請臺北榮民總醫院、中國醫藥大學附設醫院、國立成功大學醫學院附設醫院、高雄榮民總醫院等醫院，供急需皮膚移植者使用，並由財團法人器官捐贈中心、整形外科醫學會與燒傷醫學會共同協助「南皮北送」，讓醫院視病患狀況採用人工皮膚或捐贈皮膚。各醫院也依需要緊急調度輸液白蛋白、生物輔料、水刀（清創）燙傷救治等備品。
對於發生火災憾事，本部部長特別於凌晨12點多親自至台大醫院與淡水馬偕醫院急診部，探視傷病患與勉勵醫院醫護人員，本部緊急應變同仁亦趕赴辦公室，持續整理與掌握各院能量與病患傷情。
本次事件共造成510名傷患於醫院收治，其中有183人在加護病房，在人命搜救與緊急醫療救護應變機制積極啟動下，衛生福利部蔣丙煌部長特別感謝台北、新北、桃園、基隆等縣市之38家的醫院醫護人員，漏夜對傷病患竭盡心力搶救與辛勞，讓所有傷病患皆獲得最迅速的救治與照顧，在此也請民眾目前如無急症需求盡量無前往以上縣市大醫院求診，以俾利醫院醫護人員集中能量處置傷患。