為促進各專科別醫師人力均衡分布，本部自90年度起，全面實施「專科醫師容額管制計畫」，以達提升專科訓練品質、均衡各專科醫師人力發展之目標。近年為因應內、外、婦、兒及急診五大科成長率趨緩之現象，本部自102年起將住院醫師訓練名額總數由每年2,143名調降為1,670名，103年再進一步調降為1,550名，使容額數貼近醫學系畢業生人數1,300名，實施後，104年招收率達內科81%、外科97%、婦產科99%，兒科、急診科更連續2年達100%。
容額管制能否達成均衡專科人力之目標，首賴各專科訓練醫院確實遵行分配之容額招收住院醫師，故本部於年度公告專科醫師訓練醫院認定合格名單及訓練容額時，均敘明各院招收之住院醫師名額不得超出所核定之訓練容量，醫院超額招收或未經核備之訓練名額，其訓練年資不予採計，且該院下年度不得申請該專科訓練醫院認定在案，其目的除確保住院醫師訓練品質外,即在於維持各科人力之穩定成長。
對於兒科住院醫師近2年招收率皆達100%之情形，本部甚感欣慰，然我國新生兒人數已由40萬降至21萬，復以各項預防保健措施之實施，疫苗之全面施打、營養狀況之改善等，使得傳染病已獲良好控制，所需住院人數大幅下降，兒科醫師人力需求亦相對降低，此外，住院醫師乃訓練階段之醫師，而非人力，無法因訓練醫院人力需要，予以增加，否則將導致專科間失衡，頓失容額管制意義。
專科醫師培育，需花費相當漫長的時間，當今各專科容額之分配狀況，攸關未來10年、20年國內專科醫師人力的分佈與發展，不可不慎，因此，為落實各專科醫師人力均衡發展，本部需視未來各科醫師人力需求狀況，適時調整各科容額之分配，亦請各專科學會及訓練醫院繼續支持配合專科醫師訓練制度各項措施，共同朝促進專科醫師人力均衡發展，保障民眾就醫權利而努力。