本次0206震災根據本部緊急醫療救護系統(EMS) 截至今(2/7)日上午10時統計資料，送醫救治共503人(台南市455人、高雄市34人、嘉義縣4人、嘉義市6人、雲林縣1人、彰化縣3人)，分布於6縣市32家醫院，其中7人已由醫療院所通報死亡(均為台南市)。402人已出院(台南市363人、高雄市29人、嘉義縣4人、嘉義市5人、彰化縣3人)。
衛福部緊急醫療應變中心(以下簡稱REMOC)持續彙整、監測各急救責任醫院緊急醫療資源相關訊息，目前現場災區醫療站急診醫師由臺南各醫院輪班支援，南區REMOC亦積極協助。本部為了協助災區現場救災，已同意出借本部國家災難醫療救護隊(DMAT)照明設備及行軍床四具，因應現埸救護。北區REMOC已派遣兩位DMAT(具EMTP與EMT2資格)支援桃園市搜救隊員，進駐台南市協助搜救隊。目前兩位DMAT成員是和桃園的搜救隊一起協助台南災區救災運作，除作為現場先遣評估隊，並協助現場醫療須求評估、監控搜救隊員的健康狀況、協助進行現場緊急醫療支援，高屏區REMOC與其他區REMOC亦已完成整備資源，隨時準備投入支援。
依醫療機構設置標準第20條規定第1項及第2項規定，醫療機構之醫事人員，除醫療機構間之會診、支援外，前往他醫療機構執行業務，應依各該醫事人員法律規定，經事先報准，始得為之。前項所稱醫療機構間之會診、支援，指未固定排班提供診療者而言。本次0206震災造成大量人員傷亡，醫療機構因應大量傷病患急診或住院，臨時增加醫事人員人力所為之處理，符合上開規定所稱醫療機構間之會診、支援，得免事先報請衛生局核准。即前往災區醫療機構支援之醫事人員，經被支援地之醫療機構同意後，即可前往支援，免報經執業登記所在地衛生局事前同意。
根據衛生福利部掌握訊息，目前國內血液庫存超過6.5天，臺南地區亦無缺血情況，高雄地區血液庫存超過7天，亦可隨時支援，請民眾安心。衛生福利部感謝各界熱血愛心，但?避免短時間湧入過多血液，導致血液超過保存期限，呼籲民眾可分批、持續定期捐血。
衛福部再次感謝各界協助，並特別感謝此次參與傷患救治之醫事人員，在傷患搶救過程與後續照護中發揮至關重要之關鍵作用，並請醫護人員注意身心健康，如有不適症狀應請即刻休息或就醫。衛福部亦呼籲民眾珍惜現有的寶貴緊急醫療資源，如非必要請勿佔用，把醫療資源留給最需要的人。衛福部官網(www.mohw.gov.tw)已設立「0206震災專區 - 災後復原重建相關民眾濟助事項一覽表」專區，並成立諮詢專線供各界查詢運用，歡迎民眾多多利用