衛生福利部為回應各界對醫院評鑑制度的批評與建言，於105年6月20日召開記者會，衛生福利部林部長奏延宣布，將於106年正式實施醫院評鑑新制度，目標為有感革新，降低醫院受評壓力，回歸病人安全與醫療品質，符合國際趨勢，並以此精神，簡化、明確化醫院評鑑基準，結構性簡化基準與評量項目，將可大幅減少醫護人員工作壓力。
衛生福利部林部長奏延表示，醫院評鑑制度實施以來，確實對於提升我國醫療品質，確實帶來極大的貢獻，但因近年來評鑑作業愈來愈繁瑣，各界呼籲改善，也因此列為衛生福利部優先改善工作。
衛生福利部於105年5月20日即籌組醫院評鑑制度改革小組，召集人為翁文能委員，其他委員包括李秉穎委員、李偉強委員、林哲男委員、高靖秋委員、馬辛一委員、張煥禎委員、莊銀清委員、陳宏一委員、儲寧瑋委員，已密集召開7次檢討研修會議，從評鑑模式、評鑑基準、委員訓練與制度、以及評鑑方法等，通盤檢討改善現行制度，致力朝強化評鑑的正面功能、價值和品質方向邁進。
改革小組成員之一，林哲男委員表示，醫院評鑑是必要之惡，主要是因為病人與醫院資訊並不對等，評鑑的目的就是為了要保護病人。病人無法像買衣服一樣，直接對醫療品質做出判斷與抉擇，因此必須要有醫院評鑑把關醫療品質。精簡評鑑，對醫療品質與病人安全反而提升與落實，是這次醫院評鑑改革的核心。
馬辛一委員表示，醫院評鑑制度是我國醫療機構進步的原動力，也是醫院發展指南。儲寧瑋委員也表示，醫院評鑑對於醫療品質改善，確實帶來極大的助益，但近年來因為評鑑條文細節疊床架屋，使得醫院評鑑變成負擔，加上醫事人力缺乏、文書工作增加，壓縮第一線醫護人員照顧病人的時間。
高靖秋委員表示，過去基層護理師為評鑑需要，證明有照顧病人，就算是每小時應確認1次的護理措施，都必須做成文件紀錄，工作量一再累積，使得護理師無法專心照顧病人。評鑑制度希望能以醫療法規定的基本文件紀錄為主，非法規要求者就不要做，讓護理人員更願意留任。
李秉穎委員表示，醫院評鑑應評估醫院整體系統運作是否完善，而非評鑑個別醫事人員是否受到多少教育訓練、做了多少文書工作。簡化評鑑並非簡化評鑑內容，應該以醫療品質與病人安全為核心價值。
醫院評鑑制度改革小組召集人翁文能委員表示，衛生福利部將協調相關單位，整合重複的評鑑項目，將評鑑基準明確化，與醫療品質、病人安全無關的項目刪除。醫院評鑑制度自106年起將區分為區域醫院及地區醫院的一般評鑑，醫學中心則列為精進評鑑。因為有部分醫學中心已於今年完成評鑑，基於公平原則，不宜修改，新制度會於明年開始討論，預計後年實施。醫院評鑑評量方式僅區分為「通過」或「待改善」，「待改善」又分為「立即改善」與「定期改善」，將再定期追蹤。醫院若平時都能確實按照醫院自行規定的醫療品質與病人安全程序作業，評鑑時就不需要太多準備。
衛生福利部接下來將進一步對外溝通、收集醫院評鑑改革意見，於7、8月陸續進行改革相關細節作業，包含評鑑基準、程序、委員制度與訓練方式等修訂及其他各類評鑑與訪查的簡化作業，9月底前公告，106年正式上路。