(一)本處前身為行政院衛生署政風室，配合衛生署升格為衛生福利部，於一百零二年正式改制成立。
(二)回溯民國四十二年七月政府審度當時情勢需要，在行政機關設置安全單位，主要職掌均係依據「動員勘亂時期保密防諜實施辦法」辦理有關忠誠調查、保防教育宣導等人事查核業務。民國五十六年原安全室擴編為安全處。
(三)民國五十七年九月為有效端正政風，增列政風調查職掌。民國六十一年八月，行政院為精簡組織，將安全處（室）併入人事單位，負責人事查核業務；為有別於人事管理業務，爰將人事查核部門簡稱人事處（室）二。
(四)動員勘亂時期終止後，人事查核工作為因應環境變遷並順應輿情需要，法務部研擬「政風機構人員設置條例」，經立法院於民國八十一年六月十六日三讀通過，同年七月一日總統頒布施行，正式完成法制化程序。 
(五)本處於八十二年一月正式由人事室（二）改制為政風室，依「政風機構人員設置條例」規定，秉承機關首長之命，依法辦理政風業務，並對機關首長負責。 
(六)一百零二年配合衛生署升格為衛生福利部，再由政風室改制為政風處。