自三聚氰胺事件後，衛生署全面禁止自中國進口含有奶粉、乳製品、奶精粉及植物性蛋白產品。原物料如奶粉、奶加工製品、奶精粉、嬰兒食用奶粉及調製品、銨粉、卵白蛋白進口等，仍維持禁止輸入。經該署蒐集各先進國家對中國大陸食品之管制措施，包括：美國、加拿大、紐西蘭、澳大利亞、日本及新加坡等國家，各國並未全面禁止中國大陸生產之相關產品進口，而以加強查驗方式辦理。該署並檢討暫停輸入產品之特質後，才於98年6月18日起受理奶類成分含量少以及在相關製品用量較少之加工食品（咖啡、糖果、餅乾及其他調製品），可自中國大陸（含港、澳）輸入，惟仍需採逐批查驗三聚氰胺。
衛生署表示，截至98年11月30日止，自大陸進口之前述受理產品共檢驗410批，其中2批不合格：包括98年9月30之「消化蛋白質」（CCC CODE：3504.00.09.00-4）驗出三聚氰胺0.11 ppm，已退運處理；及98年11月27日之「蛋白質」（CCC CODE：3504.00.11.00-2）驗出三聚氰胺0.069 ppm，業者申請複驗中。