SARS疫情過後，基於保障病人安全，防範機構內感染，疾病管制局積極推動傳染病防治法修正，強化院內感染控制之相關規範，並於2007年7月傳染病防治法修正條文公布後，依據該法第三十二條，修訂醫療機構執行感染控制措施查核辦法，明文規定醫療機構應執行之感染控制措施及主管機關執行查核之標準，於2008年1月份公告實施。
新修正之查核辦法，內容係參考國內外相關法規、評鑑項目及感控措施指引等進行修訂，首要任務即要求醫療機構應實施組織性的感染控制管理，除需成立專責單位，由機構主管或副主管擔任召集人，推行機構內感染控制工作外，且應聘用足夠之人力負責感控業務的規劃與執行，亦應參考相關資料及機構特性，訂定院內感染防治相關標準作業流程與指引，確實執行並視需要定期更新，同時應定期辦理教育訓練及各項技術輔導，以提升醫護人員感染控制專業知能；另配合世界衛生組織及衛生署病人安全目標推動手部衛生政策，將洗手設備及醫護人員執行洗手時機等納入常規查核項目。此外，該辦法亦要求醫療機構應強化員工健康管理及個人防護裝備等防疫物資儲備等規範，並且應訂有危機處理機制以支援大型疫災之處理。
查核辦法亦規範醫療機構應建立機構內感染監視通報機制，為建置本土化院內感染監視通報資料庫，疾病管制局於2007年推出全新改版台灣院內感染監視系統，期望透過監視系統的設置，瞭解國內各層級醫院院內感染發生情形及院內感染菌株的抗生素抗藥性分布概況，並希望藉由定期資料回饋方式，與通報醫院溝通互動，同時提供監測數據，做為各醫院院內感控措施制定與執行之參考。
近年來，疾病管制局積極推動各項醫療機構感染控制事務，透過專家諮詢委員會的協助，訂定多項國內適用之感染控制措施指引，並隨時因應國際情勢即時修正，提供國內醫療機構依循，由機構依營運特性加以修訂，內化為符合該機構內之規範；另於該局網站建置院內感染專屬網頁，提供各項指引文件、衛教宣導及多媒體影片等教材供各界下載，相關資料可至衛生署疾病管制局網站瀏覽(首頁\防疫專區\院內感染)。