依據衛生署疾病管制局監視資料顯示，本（2008）年截至3/21止，共計通報疑似腸病毒感染併發重症50例，其中21例為確定病例，疫情明顯較前兩年來得嚴重，除了1例為感染伊科病毒第6型的新生兒外，其餘20例均為腸病毒71型引起，並有1例死亡。由於腸病毒71型活動情形自去年下半年即開始上升，且該型病毒最容易導致重症與死亡，為利早期診斷，早期治療，確保疑似重症患者醫療品質，衛生署侯署長於1月份即已責成所屬相關單位妥善因應，為可能來臨的疫情做充分準備。
為強化醫療體系能量，除了由醫事處建立各級醫療院所小兒加護病房緊急調度聯絡網，督導及維護各級醫療院所急診醫護品質，以及由醫院管理委員會督導署立醫院維護急診醫護品質之外，為充實醫護人員腸病毒專業知識，自2月4日起，疾病管制局於傳染病數位學習網增設「腸病毒感染併發重症臨床處理注意事項」課程，配合測驗方式進行教育推廣，提供醫師再教育學分，侯署長亦要求衛生署所屬單位的醫師務必參與學習，截至3月16日止，計有2,339人通過測驗，其中衛生署所屬單位（含署立醫院）同仁有1,607人，佔68.7%。同時，該局也與臺灣兒科醫學會合作，自3月16日至4月20日，於全國分區辦理「腸病毒感染併發重症臨床處置教育訓練」共6場，對象為全國醫療院所醫護人員，藉此確保疑似重症患者能即時接受正確的診治，有效提升腸病毒患者醫療品質，進而減少嚴重併發症與死亡的發生，降低疫情對社會造成的衝擊。
該局再次提醒民眾，日常生活中要特別注意自身與嬰幼兒的衛生，降低感染機會，若嬰幼兒經醫師診斷感染腸病毒時，要注意觀察病童是否出現腸病毒感染併發重症的前兆病徵，如有持續發燒、活力不佳、嗜睡、持續嘔吐、肌躍型抽搐、意識不清、手腳無力等症狀時，請務必立即就醫，儘速接受適當的治療，以免錯過治療的黃金時間；坊間診所臨床醫師看診時，如發現病童出現重症前兆病徵，亦應建議家長儘速轉診大醫院小兒科急救，以免貽誤病情。