北海岸金山醫院建於民國88年，當時係配合台電核一廠及核二廠的興建，為照顧北海岸金山、萬里、石門及三芝4個鄉的鄉親及核電廠員工的健康而設置，也確實彌補了該地區健康照護服務的缺口。建院所需土地由地方鄉親捐贈，經費由台灣電力公司及台電基金捐贈新台幣8億元，行政院蘇前院長並於臺北縣長任內協助開闢聯外道路，使得醫院硬體建設如期完工，並於94年10月開業營運。
金山醫院地處偏遠，以金山地區目前之主客觀環境及條件，確實很難維持一家醫院的正常營運，衛生署基於醫院主管機關立場，早於96年初即就該醫院經營策略積極進行輔導，以求永續經費。頃因該院洽得台大醫院同意有條件承接為該醫院之分院，由於承接程序相當繁複，而且涉及相關部會權責，爰請求行政院給予協助，行政院張院長考量必須持續照顧金山地區鄉民及核電廠員工們的健康，特別指示行政院吳政務委員澤成就該院未來之功能定位、承接條件等項問題協調有關機關，經吳政務委員努力協調之後，終於達成共識，決定承接初期5年內營運可能之虧損，分由中央負擔新台幣1.4億元、台北縣政府負擔每年1000萬元。
行政院張院長並於97年3月18日親蒞金山醫院視察，正式宣示金山醫院將改制為台大醫院，相信未來藉由台大優質的醫療團隊、堅強的管理陣容進駐，金山醫院一定能夠永續經營，也能符合地方鄉親共同期待。