衛福部為提供民眾多一個公益捐款管道，便利民眾發揮愛心，參與本部的重大災害或國際人道救援勸募活動，將陸續與全國連鎖大型超商業者洽談合作事宜，初步已與統一超商股份有限公司談定代收捐款合作方案。
自即日起，民眾可至全台7-ELEVEN ibon便利生活站點選「儲值繳費/慈善捐款/日本熊本震災（衛生福利部）」即可捐款。統一超商並表示，相關捐款手續費將由該公司自行吸收，不會向民眾收取任何費用。代收捐款金額為100元~2萬元。
社會救助及社工司司長李美珍指出，自即日起至6月30日止，民眾亦可利用原有捐款方式進行捐款：
1.國內部分：
(1)金融機構匯款，帳號270750「中央銀行國庫局」，戶名為「衛生福利部賑災專戶」。
(2)郵政劃撥方式，劃撥帳號50269506，戶名為「衛生福利部賑災專戶」。
2. 國外部分：國外民眾捐款帳號是007-09-11868-0「兆豐國際商業銀行國外部，戶名為「衛生福利部賑災專戶」。
（以上均請指定用途為：「日本熊本震災專案」，並於空白處敘明捐款人姓名、電話及收據寄送地址，傳真至02-85906065，以利寄送收據。聯絡人：衛生福利部社會救助及社工司詹科長，電話：02-85906640；江小姐，電話：02-85906619 )
李司長強調，本部會將捐款公開徵信於本部網頁，並透過外交部將捐款轉交日本，使災民能早日恢復正常生活。