衛生福利部自102年7月23日整合原行政院衛生署衛政業務及內政部社政業務，業務範疇涵蓋醫療服務、預防保健、全民健康保險、疾病防治、藥物食品、福利服務、社會救助、社會保險等層面，截至 103年 3 月底止，衛生福利部雖已納入內政部社會司、兒童局、家庭暴力及性侵害防治委員會、國民年金監理會以及教育部國立中國醫藥研究所等單位隨同業務移入之派遣人數，但藉由出缺不補等方式，衛生福利部及所屬機關（構）運用派遣人數與99年原行政院衛生署運用派遣人員控管上限數相較，已減少人數104人。
衛生福利部表示，因受限中央政府機關總員額法，於編制人力無法增加及現有人力無法負荷的情況下，需運用派遣人員補足編制人力的不足。如所屬食品藥物管理署、疾病管制署、中央健康保險署等機關，掌管食品藥物查驗、傳染病防治調查、全民健康保險及二代健保等各項與全國人民切身相關的業務，渠等業務量龐大繁重；另所屬北、中、南區兒童之家、澎湖老人之家及南投啟智、雲林教養院等社福機構，其服務對象生活照護工作亦不能因正式編制人力不足而中斷，或減少照護人力配置。爰為利上開業務在編制人力有限下得以遂行，亟需進用派遣人員，以協助分擔各項資料建檔、櫃檯諮詢、服務對象照護及其他未涉及決策或對外行使公權力的一般事務性非核心工作。
另衛生福利部也表示，派遣人員的進用及管理均依「行政院運用勞動派遣應行注意事項」、「政府採購法」及「勞動基準法」等相關規定辦理，同時積極督導廠商履約行為，以確實維護派遣人員各項應有權益，未來將持續以出缺不補為原則，逐年降低派遣進用人數。