長久以來由於工業發展造成環境污染，加上受到人類濫用農藥等因素之影響，源自於動、植物及礦物等天然物之中藥材，極可能被污染。過去衛生署時代分三階段實施中藥材品質管理機制：第一階段為推動中藥材之包裝標示，要求市售之中藥材飲片，其標籤或包裝均應符合標示事項處理原則，目前已公告應標示之中藥材品項共324種。第二階段則針對重金屬及黃麴毒素等異常物質，參考相關國家當前管制原則，訂定各種異常物質限量標準，以確保中藥材之安全與衛生，迄今也已指定公告91種中藥材之各種異常物質限量標準。第三階段則致力於完備中藥材之源頭管理機制，包括進口產品文書認證及落地追蹤等工作。 101年8月1日起，依據「兩岸醫藥衛生協議」，指定紅棗等10項進口量大之中藥材，實施中藥材邊境管理制度，要求業者輸入時，應檢附合格之檢驗證明文件先報關，在邊境時衛生署還會再執行抽批檢驗，凡是不合格的貨品，會進行退運處分。至今(102)年6月30日止，自大陸輸入中藥材共計2081件報關(10,617噸)，其中2批從大陸進口的黃耆(5,290公斤)因為總重金屬含量超出限量標準，被判定不合格，也已經退運處理，政府透過邊境管理機制已經可以將不合格之中藥材阻絕在境外。101年衛生署在市面抽驗的中藥材共337件，合格率是97.9%。顯示從邊境到消費者端，對於中藥材安全衛生的監控已有效果。
兩岸簽署服務貿易協議後，外界擔心陸資所經營的中藥批發業會流入大量不合格的黑心中藥材。本部鄭重聲明，這事情不可能會發生。因為除了有上述的邊境把關外，本部還進一步規劃推動中藥材追蹤溯源的監視制度，運用中藥材追蹤溯源系統，將中藥材外包裝之產品標籤或包裝貼上追蹤溯源系統之條碼，提供名稱、產地、來源、適應症、副作用等資訊，只要用手機一掃即可得知這些訊息，預計年底前可以完成五十項中藥材的溯源條碼。這套系統設計完成後，我們將分階段輔導鼓勵本土中藥批發商採用這種條碼辨識系統，如發現品質不合格的產品，更可以往上查到供應來源，提供訊息予生產端作為矯正改善品質的管理依據，更可建立商號的品牌形象，強化消費者對產品的信賴與使用的安心。