中藥向為國人常用的醫藥保健資源，但是目前國內中藥產業所需中藥材及食品業界使用之供膳食類中藥材，九成來自境外輸入，由於產地之生長環境、病蟲害發生及防治方法、採收期、貯存等因素，皆易造成品質良莠不齊。為保障民眾使用中藥材之衛生安全，本部已分三階段推動中藥材品質管理機制：第一階段為推動中藥材包裝標示，要求已公告之中藥材品項，於進口及市售飲片之標籤或包裝標示均應符合規定。第二階段則針對重金屬、農藥殘留及黃麴毒素等異常物質，參考相關國家管制原則，訂定各種異常物質限量標準，以確保中藥材之安全與衛生。第三階段則致力於完備中藥材之源頭管理機制，包括進口產品文書認證及落地追蹤等工作。
近年來，本部針對中藥的使用安全，朝向與國際管理規範協和，不管是原料藥材、製劑，從原料、製造端與市場面。本部亦不定期參考國際標準，進行滾動式檢討，並編撰台灣中藥典、增訂定國家中藥材規格標準、完備中藥材邊境管理制度。為監測市售中藥材品質，本部及各縣市衛生局，每年皆不定期進行市售品抽驗，以保障消費者用藥安全，近3年抽驗市售中藥材之異常物質，合格率亦達98%以上。
據消費者文教基金會本(103)年12月號「消費者報導」雜誌發布中藥材檢測報告，有部分樣品檢出農藥殘留、二氧化硫或重金屬含量超過限量規定，為保障消費者用藥安全，本部已函請所轄衛生局就相關產品進行查察。針對部分樣品檢出非屬本部目前已訂有標準項目之農藥殘留，為加強中藥材安全衛生管理，本部後續將參考國際管理規範，修正中藥材安全衛生品質標準。另一方面，仍將持續從邊境查驗及市售品監測等方面，加強中藥材品質把關，保障全民用藥安全，讓民眾食的安心。