疾病管制局因應2007年之國際疫情、科學發展、世界衛生組織新觀念、國內外資源變動等，修訂「因應流感大流行執行策略計畫」第二版，使我國對於流感大流行之防治策略更具全面性及有效性。
第二版修正重點如下：1.加強說明實驗診斷之策略；2.納入非政府組織角色；3.加入邊境檢疫策略；4.新增藥物使用細部規劃及分配之倫理議題；5.納入疫苗之優先使用對象規劃；6.修訂傳染病防治醫療網之功能；7.納入與民眾溝通之策略及方法；8.專章描述「持續社會機能與企業營運」之準備；9.納入中央及地方政府應變計畫評核策略；10.新增部會分工表。
該局前於2007年1月3日首度發布「因應流感大流行執行策略計畫」第一版。2007年國際間針對大流行整備之疫苗研發與產能提升、社會機能維持與產業持續營運、演習與計畫評估、及早偵測及快速圍堵有更進一步的探討與建設，且在2007年國外學者對我國因應計畫之評核，建議應列出重要關係部門之功能、納入NGO及志工之角色、研議疫苗及藥物使用之細部規劃、商討如何維持重要社會機能等。因此，疾病管制局在2008年初完成修訂之第二版計畫並於2008年2月20日奉行政院同意。
策略計畫第二版全文已置於疾病管制局流感防治網（flu.cdc.gov.tw），請各界逕行參考運用。