衛生署疾病管制局5/7回應媒體表示，基於我國公衛界及醫療界十年來防治腸病毒EV71的豐富經驗，特別在檢驗試劑及重症醫療部分，歡迎也期待兩岸三地能有個密切的合作機會共同對抗腸病毒EV71。
疾管局發言人周志浩副局長表示，目前兩岸防疫單位正式官方的接觸極少，三年前的「兩門會議」（金門與廈門的衛生會議），堪稱史上唯一的一次，但也止於縣市地方政府。基於兩岸傳染病防治的議題眾多，過去疾管局也曾諮詢陸委會或試圖透過紅十字會搭建更為正式的雙邊溝通平台，但均因兩岸大環境及雙方在世衛案的角力而有所顧忌，迄今官方的交流無任何進展。近來兩岸三地均傳出腸病毒疫情，三方防疫主管單位雖互有疫情資訊交換，但內容均止於新聞稿層級。
台灣自十年前爆發腸病毒71型大流行後，已有多年的防治經驗與心得，其中包括「腸病毒是公共衛生更是醫療問題」的體認，因此，疾管局對中國日前將所有輕症的手足口症訂為法定傳染病強制通報，持不同的看法。該局表示，目前台灣是以腸病毒重症為法定通報傳染病，輔以定點醫師通報及急診自動通報監測輕症。未來若能發展出第一線可使用的簡易快速EV71篩檢試劑，才會考慮將所有的EV71界定為法定傳染病。
雖然目前兩岸流行的EV71分型不同，但基於兩岸三地相互傳染的可能性以及防治作為的差異性，相互學習、共同防治的空間仍大。另外，EV71疫苗之研發，也是兩岸三地可合作的項目之一。周志浩表示，倘若有接到中國的邀請，疾管局很樂意徵召國內公衛及醫療界的專家，率團赴大陸分享台灣的防治經驗。
我國十年前因腸病毒大流行曾造成405例重症個案，其中78例死亡，今年迄今計有64例重症，2例死亡。中國今年已通報20餘例死亡，但因兩岸重症定義及檢驗方法不同，難以直接比較。