台灣民眾有66 % 經常性使用中藥，並佔門診健保使用頻率之15 %，加上今日民眾之消費意識抬頭且對中藥品質之要求與日俱增，立法院亦多次決議並函致本署對民眾之中藥用藥安全表達嚴重關切，故建構完善地中藥用藥安全環境已然成為我國中藥永續發展最為重要的基礎。
近年來中草藥產業已成為世界各國最具潛力的新興產業，因此，衛生署中醫藥委員會於2003年向行政院提出「建構中藥用藥安全環境計畫」；該計畫於2004年起陸續實施，並奉行政院2006年5月26日院臺衛字第0950000894號函核定原則同意。該計畫係以創造式及突破性的思維，由人力面、物質面及法規面著手，運用現代化之中草藥研究及管理機制，將停在明朝本草綱目之人類使用經驗予以提升。並以任務為導向，將基礎研究與研發整合，帶動台灣中草藥產業走向國際，運用知識經濟之方法來創造經濟價值；進而確保民眾用藥安全，一舉解決民眾長期關注之中草藥問題，包括：重金屬、農藥殘留、微生物過量及標示不清等，並期許民眾生活在有包裝、有標示、品質安全、有效及均一的中藥用藥安全的環境當中。此外，並積極推動及落實藥廠全面實施GMP、制定科學化的評估標準及相關平臺技術，進而促進中醫藥產業發展、技術創新及深度培訓多重專業人才…等良好的優質環境。
中醫藥委員會自2004年執行「建構中藥用藥安全環境計畫」以來，全程計畫為期六年，原預定編列經費523,173仟元；惟限於政府財政，實際編列金額：2004年度為經費49,505仟元，進行13件計畫；2005年度編列經費31,162仟元，進行20件計畫（含4件跨年度計畫）；2006年度編列經費31,906仟元，進行24件計畫（含4件跨年度計畫）；2007年度編列經費16,923仟元，進行22件計畫；2008年度編列經費28,361仟元，目前執行27件計畫，並有多件計畫已或將於近期內陸續展開徵求。在該計畫項下，中醫藥委員會辦理多場的產業界人才培訓以及用藥安全教育宣導，自2004年迄今，已辦理29場訓練課程（受訓人數1,255人）；及近70場之宣導會、說明會或研討會（參加人數24,619人），總計已有超過25,000位中藥相關人員，因該計畫而受惠。此外並已出版多本專書，以利研究成果之宣導流傳。
為與全民共享該計畫研究成果，加強建構中藥法規之適用環境、促進產業開發及進入國際市場，中醫藥委員會已委託中國醫藥大學於本(2008)年3月8日假該校協助辦理「2004~2007中藥產業法規宣導暨中藥用藥安全環境計畫成果發表會」，會中邀請14位93~96年曾執行委託研究計畫之主持人進行口頭報告，同時有53項研究成果以壁報方式展示，並印製中英文論文摘要論文集；另邀請中藥專家學者就國內外「中藥新藥」、「中藥查驗登記」、「中藥廠查核實務」及「中藥飲片炮製」等相關法規之四大議題進行特別演講。成果發表會計有525位中醫藥界同道報名參加，場面熱烈，從會後的問卷調查統計中發現，超過85%與會者表示肯定政府推動「建構中藥用藥安全環境計畫」政策。
目前，該項（行政院列管）計畫已業經四年多，將於明年底屆滿；回顧過去，展望未來，為延伸計畫目標，並銜接原六年計畫成果，確保民眾用藥安全，中醫藥委員會將於近期邀集學者專家開會研議第二期「建構中藥用藥安全環境計畫」(2010~2014年)，以檢視當前中藥策略方針與研究成果、探討國內外之相關議題與可用資源、評估未來環境。