腸病毒中央流行疫情指揮中心業於2008年6月10日正式啟動，並於6月16日舉行第一次會議。指揮官在會中作成以下裁示：
一、 有關教保育機構因強制停課所衍生之退費問題及補助機構費用，決議：針對已支付教保育機構之學費將不退費，但午餐費、點心費、交通費等未發生成本之費用，應予退還。
二、 因應疫情所採取之強制停課規定，請教育部與內政部加強督導小學、幼稚園與托兒所務必落實執行，同時加強學童健康管理與校園衛教。
三、 在腸病毒疫苗開發方面，應儘速將推動架構提報行政院核定，以結合國內外生技產業共同合作開發，展現政府對抗腸病毒的決心。
四、 本週為疫情高峰期，雖預計一週後脫離高峰，但仍應持續宣導洗手、隔離及環境衛生，並應提醒家長若懷疑重症症狀者，應及早送醫救治，並加強醫院醫療品質。