為腸病毒防疫，加強醫療機構腸病毒的感染預防措施，腸病毒中央流行疫情指揮中心於6月20日通知各縣市政府，各醫療機構應採取以下措施：「醫療機構診間之兒童遊戲區，應暫時予以關閉，並將遊戲設施（如玩具、童書等）收置妥當避免兒童接觸」。醫療機構若未依相關規定辦理者，地方衛生主管機關將依違反傳染病防治法第三十七條規定，依同法第七十條處三千元到一萬五千元罰鍰。
該指揮中心亦提醒醫師及相關醫護人員於看診接觸病童前，應特別注意洗手等衛生措施，以避免成為感染來源。