今年腸病毒71型病毒較往年活躍，重症疫情持續上升，預估六月底將達到疫情高峰，衛生署已報請行政院核定，將適時提昇防治層級，成立「腸病毒中央流行疫情指揮中心」。該署於本（9）日邀集教育部、內政部、行政院新聞局、行政院大陸委員會、行政院環境保護署等相關部會局處，以及相關醫界產業團體，召開籌備會議，為指揮中心運作預為準備。林芳郁署長現場作成五項裁示：
一、在無疫苗及特效藥的情形下，仍應持續推動目前進行之各項防治工作。
二、當校園出現符合腸病毒疫情停課建議時，應立即停課，避免疫情擴散。地方教育及衛生單位應持續攜手合作、保持密切聯繫。
三、加強以目標族群(五歲以下嬰幼兒照顧者)為導向的衛教宣導，並避免引起社會大眾無謂的恐慌。
四、健保局將支援腸病毒醫療費用，請醫療體系務必全力協助救治，並提升醫療品質，降低死亡率。
五、本「我們自己的問題，我們自己解決」的精神，勇敢突破困難，全力開發快速檢驗試劑及腸病毒71型疫苗，以徹底根本解決腸病毒危害。